Учебный сайт Карань Анны

Карань Анна студентка факультета биоинженерии и бионформатики
Главная	О себе	Учеба	ФББ МГУ

Укоренение и бутстрэп

Задание 1. Укоренение в среднюю точку

Нуобходимо укоренить дерево, полученное методом Neighbor-Joining using % identity в прошлом пракутикуме, в среднюю точку.
Файл дерева для программы retree

Рис.1 Дерево после укоренения

Рис.2 Дерево до укоренения

Сравнивая Рис.1. и Рис.2., можно увидеть, что укоренение произошло в одном и том же месте, просто ветвь LACAC стала короче после укоренения в среднюю точку. Верным это укоренение назвать нельзя, так как само дерево является неправильным (LACAC не является корневой группой в реальном дереве).

Задание 2. Использование внешней группы

Деревья, построенные методом максимальной экономии ("Maximum parsimony") невозможно укоренить в среднюю точку, так как этот метод не реконструирует расстояния. Однако можно воспользоваться укоренением с помощью внешней группы.
В случае моего дерева необходимо использовать E.coli (ECOLI) как внешнюю группу.

Рис.3 Дерево с ECOLI как внешней группой

На Рис.3 изображено дерево с ECOLI как с внешней группой, однако LACAС оказалось дальше, это очень странно, я все перепроверила (последовательности), возможно это результат очень далекого ГПГ этого фермента у LACAC. Для остальных ECOLI хорошая внешняя группа.

Задание 3. Бутстрэп

Рис.1 Original tree

Рис.2 Bootstrap consensus tree

Для "Original tree" только 1 верная нетривиальная ветвь, для "Bootstrap consensus tree" тоже только 1 и та же самая, так что эти деревья чуть по-разному неверны.