|
Карань Анна |
|||
| Главная | О себе | Учеба | ФББ МГУ |
Задание 1. Электронная плотность
В данном практикуме анализируется структура В данной работе был проведен аминопептидазы N в комплексе с LL-(R,S)-hPheP[CH2]Phe(3-CH2NH2), аналогом фосфинового дипептида, с PDB ID 4QUO.
Электронная плотность вокруг остова полипептидной цепи
Рисунок 1. Поверхность электронной плотности с Z=0.5 вокруг остова полипептидной цепи.
Рисунок 2. Поверхность электронной плотности с Z=1 вокруг остова полипептидной цепи.
Рисунок 3. Поверхность электронной плотности с Z=2 вокруг остова полипептидной цепи.
Рисунок 4. Поверхность электронной плотности с Z=3 вокруг остова полипептидной цепи.
По рисункам 1-4 видно, что атомы остова расположены в центрах сгущений электронной плотности. Однако при увеличении уровня до Z=2.0 и Z=3.0 некоторые атомы оказываются вне сгущений. Эти атомы в основном находятя на поверхности белка и входят в петли и, возможно, атомы не оказываются в центрах своих сгущений из-за большей подвижности остатков и взаимодействий с растворителем.
Электронная плотность вокруг трех аминокислотных остатков
Рисунок 5. Поверхность электронной плотности с Z=0.5 вокруг ARG277, THR278, ALA279.
Рисунок 6. Поверхность электронной плотности с Z=1 вокруг ARG277, THR278, ALA279.
Рисунок 7. Поверхность электронной плотности с Z=2 вокруг ARG277, THR278, ALA279.
Рисунок 8. Поверхность электронной плотности с Z=3 вокруг ARG277, THR278, ALA279.
По рисункам 5-8 видно, что даже при увеличении Z в этом районе атомы остова остаются в центре своих участков электронной плотности, а вот некоторые атомы боковых цепей уже не окружены поверхностью. Первыми выпадают углероды LYS, а вот симметричная поверхность в районе трех азотов остается. Это можно объяснить делокализаций большего количества электронов по этим атомам. Атомы боковой цепи аланина и треонина до конца находятся в центрах скорей всего за счет маленького размера боковых групп этих аминокислот, т.е. приближенности к остову всех атомов.
©Карань Анна, 2019