Карань Анна студентка факультета биоинженерии и бионформатики
Главная	О себе	Учеба	ФББ МГУ

Задание 10. Гидрофобные кластеры

Гидрофобные кластеры в структуре мономера

Для данной части практикума использовалась аминопептидаза N, уже анализируемая в прошлых практикумах этого семестра, с PDB ID 4QUO.
Для поиска гидрофобных кластеров использовался online-сервис CluD. Использовались порог расстояния 4.23 ангстрем и минимальный размер кластера 50.

Рисунок 1. Структура белка с PDB ID 4QUO

Рисунок 2. Структура белка с PDB ID 4QUO с гидрофобными кластерами

На Рисунке 2 видно, что образуется 4 крупных кластера. Красный и синий соответствуют бета-листам, которые и на Рисунке 1 визуально выделяются из общей структуры белка, почти образуя домены. Бежевый и оранжевый кластеры соответствуют наиболее плотному скоплению альфа-спиралей в белке, которые окружают карман с активным центром. Скорей всего эти части структуры (и эти гидрофобные кластеры) отвечают именно за формирование правильных "стенок" кармана.

Гидрофобные кластеры на между цепями белка

В этом же разделе практикума анализируются гидрофобные кластеры белка ComA, индуфирующегося повреждением, из Pneumoniae subsp. pneumoniae MGH 78578 c PDB ID 5v01.
При поиске гидрофобных кластеров спользовались порог расстояния 5.5 ангстрем и минимальный размер кластера 4. Из Рисунка 3 видно, что гидрофобные кластеры занимают почти всю взаимодействующую поверхность. Отсюда можно предположить, что цепи исследуемого гомодимера связываются вместе именно за счет гидрофобных взаимодействий.

Рисунок 3. Структура белка с PDB ID 5v01 с гидрофобными кластерами на границе цепей.

---