Карань Анна студентка факультета биоинженерии и бионформатики
Главная	О себе	Учеба	ФББ МГУ

Задание 4. Поиск по PDB и содержание PDB файлов

Пример атомов с коэффициентов Occupancy, не равным 1

Была найдена структура аминопептидазы N в комплексе с LL-(R,S)-hPheP[CH2]Phe(3-CH2NH2), аналогом фосфинового дипептида, с PDB ID 4QUO с разрешением 1.65 ангстрем, которая была загружена 10.09.2014.

Пример нерасшифрованных аминокислотных остатков

Была найдена структура с разрешением 3.3 ангстрем с PDB ID 1t2vю Это синтетическая конструкция, представляющая собой структурную основу распознавания фосфопептидов доменом BRCT BRCA1.

Пример структуры, для которой последовательность природного белка из Uniprot и последовательность белка, который кристаллизовали, отличаются

Была найдена структура с PDB ID 5O8T. Для неё ниже в поле DBREF указывается кросс-референсы между текущей последовательностью и последовательностями других БД. Поле SEQADV показывает отличия последовательности данного pdb-файла, от последовательности, описанной в поле DBREF.

Худший и лучший B-фактор в структуре

В данной части практикума будет еще раз рассматриваться структура с PDB ID 4QUO. Худший В-фактор = 53.80, лучший В-фактор = 9.15.

---