|
Карань Анна |
|||
| Главная | О себе | Учеба | ФББ МГУ |
Задание 5. Сравнение ЯМР- и РСА-структур одного белка
Был выбран один из белков, который расшифровывался и методом ЯМР, и методов РСА по таблице из статьи 2010 года. Это сериновая протеаза PB92 из Bacillus alcalophilus. PDB ID структуры, расшифрованной методом ЯМР, - 1AH2 с 18-ю моделями (Рисунок 1), методом РСА - 1IAV с разрешением 1.8 ангстрем. Обе структуры представлены одной цепью A.
Рисунок 1. Структура наложенных моделей сериновой протеазы PB92, восстановленная методом ЯМР с PDB ID 1AH2
Рисунок 2. Структура сериновой протеазы PB92, восстановленная методом РСА с PDB ID 1IAV
Были выбраны несколько водородных связей (порог по расстоянию 3.5 Å), информация по которым представлена в Таблице 1, информация для ЯМР считалась по всем моделям, даже если расстояния выше порога связи.
| Таблица 1. Водородные связи | ||||
| Связанные остатки | Местоположение | Длина связи РСА (ангстрем) | Число моделей (%) ЯМР, где есть связь | Min, max, median длины связи ЯМР (ангстрем) |
| Arg247-Asn243 (в ЯМР arg241-asn237 находятся в том же положении) | остовная водородная связь в альфа-спирали | 2.9 | 18 (100%) | 3.0, 3.3, 3.2 |
| Asn123-Ser125 (Asn121-Ser123 для ЯМР) | водородную связь боковых цепей в ядре белка | 3.0 | 0 (0%) | 5.3, 10.5, 6.75 |
| Arg19-Glu271 | водородная связь в петле, выходящей на поверхность глобулы | 2.7 | 1 (5.5%) | 3.4, 13.7, 6.85 |
Рисунок 3. Водородная связь между ARG247 и ASN243
Рисунок 4. Водородная связь между SER125 и ASN123
Рисунок 5. Водородная связь между ARG19 и GLU271
Из Таблицы 1 понятно, что водородные связи между атомами, обнаруженные в структуре РСА, сохраняется и в расшифрованной ЯМР и имеют более менее постоянную длину в разных моделях тогда, когда принадлежат стабильной вторичной структуре (альфе-спирале или бета-слою) и является связью между атомами остова, водородные связи боковых цепей в ядре глобулы, а в особенности на поверхности, обнаруженные в РСА почти никогда не обнаруживаются в структурах ЯМР, минимальное расстояние между атомами в этой предполагаемой связи в структуре ЯМР выше, чем в РСА, и разброс этих расстояний гораздо выше, чем в случае стабильных структур.
©Карань Анна, 2019