Карань Анна студентка факультета биоинженерии и бионформатики
Главная	О себе	Учеба	ФББ МГУ

Задание 9. Совмещение структур

Для данного практикума использовалась аминопептидаза N, уже анализируемая в прошлых практикумах этого семестра, с PDB ID 4QUO.
С помощью PDBeFold ыли найдены 4 структурных гомолога рассматриваемого белка, а именно цепи А. Структуры выбирались так, чтобы RMSD был между 0.8 и 2.5, а длина выравнивания - более 50% от длины исследуемого белка.
Summary выдачи показано на Рисунке 1, совмещение вторичных структур на Рисунке 2, и статистику по структурам на Рисунке 3.

Рисунок 1. Summary выдачи PDBeFold

Рисунок 2. Выравнивание вторичных структур PDBeFold

Рисунок 3. Статистика выдачи PDBeFold

Рисунок 4. Совмещение структуры 4quo и его гомологов (5mfr, 5y1w, 5zi5, 3se6)

Как видно из Рисунка 4 общий вид структуры совпадает у всех 5-и, но многие конкретные элементы структуры совмещаются не очень хорошо.

На Рисунках 5 изображены выравнивания. На первый взгляд они достаточно сильно отличаются. Однако при более внимательном просмотре видно много одинаковых участков, и все они соответствуют крупным альфа-спиралям или бета-тяжам. Отсюда можно сделать вывод, что более правильным является выравнивание, построенное Musle, так как элементы вторичной структуры выравнились на основе последовательности и на основе структуры одинаково, а вот петли по структуре очевидно восстанавливать не стоит (а именно они и не совпадают в выравниваниях).

---