Human carbonic anhydrase II (T199S) complexed with benzo[d]thiazole-2-sulfonamide


PDB ID: 5JEP


Параметры водородных связей между остовными атомами во вторичной структуре
# Имена атомов Длина связи (Å) Угол N-O-C (°)
Альфа-спираль
1 N(225PHE) - O(221GLN) 3.42 150.1
2 N(224LYS) - O(220GLU) 3.35 143.2
3 N(223LEU) - O(219SER) 2.84 160
4 N(222VAL) - O(218SER) 3.14 160.2
Бета-тяжи
1 N(57LEU) - O(69GLU) 2.82 156.9
2 N(58ARG) - O(69GLU) 3.62 132.5
3 N(69GLU) - O(58ARG) 2.84 170.4
4 N(60 LEU) - O(67ASN) 2.92 151.6
5 N(67ASN) - O(60LEU) 2.84 154.6
Ссылка на скрипт
Выводы
Средняя длина водородных связяй, формирующих структуру альфа-спирали, оказалась равной 3.19 A, в бета-тяже - 3.008 А, что находится на границе ожидаемых значений 2.6-3.2 A.[1,2]
Средний угол N-O-C в альфа-спирале - 153.4°, в бета-тяже - 153.2°. Такие цифры соответствуют желаемым значениям (180°-130°[4]).

Источники
1. http://proteopedia.org/wiki/index.php/Hydrogen_bonds#cite_note-jeffrey-0
2. Jeffrey, George A., An introduction to hydrogen bonding, Oxford University Press, 1997
3. http://old.iupac.org/reports/provisional/abstract11/arunan_prs.pdf
4. https://www.sciencedirect.com/topics/immunology-and-microbiology/hydrogen-bond