Выравнивание последовательностей

В этом практикуме изучалось, как различные мутации влияют на аминокислотную последовательность белка.
Для выполнения работы с сайта NCBI был скачен геном бактерии Enterococcus hirae ATCC 9790, в котором была найдена трансляция белка AFM70579.1, а также с помощью команды seqret из пакета EMBOSS была получена кодирующая последовательность белка. Далее командой transeq она "транслировалась". Интересно, что начальная аминокислота в транслированном участке - лейцин, тогда как в геноме, скачанном с сайта NCBI - метионин. Других отличий между аминокислотными последовательностями обнаружено не было. Далее в кодируещем участке проводились изменения: замены, вставки и делеция нуклеотидов. После фрагмент транслировался и сравнивался с помощью команды needle -aformat msf . Эта команда была подсказана Софьей Гайдуковой, за что ей большое спасибо. В Jalview с помощью полученного файла с выравниванием создавалось изображение.

В четырёх случаях из пяти точечные мутации генома приводили к замене аминоксилоты на аминоксилоту со схожими свойствами, например, аланин заменился на валин, а глутамат на аспартат. В последнем случае 20-ая аминокислота кодировалась триплетом TCA. Замена 60-го нуклеотида, какой бы она не была, не привела бы к изменению аминокислоты, так как все варианты триплетов, начинающихся на TC, кодируют серин. При делеции шести нуклкотидов закономерно вырезалось 2 аминокилоты. Однако при делеции одного нуклеотида сдвигались рамки считывания, поэтому белок выходил совсем не похожим на оригинальный.

Ознокомиться с деталями работы можно в этой таблице