Работа с пакетом 3DNA
Задание 1
С помощью пакета 3DNA были сгенерированы A, B и Z формы последовательности ДНК, состоящей из пяти повторов GATC. ССылки на получившиеся pdb файлы:
Рис.1 Направление атомов в тимине(7:A).
Задание 2
В первой части задания предлогалось изучить одну из эксперементальных последовательностей ДНК. Мною была выбрана А-форма (3v9d). Её седьмое основание на цепи А, тимин, можно увидеть на картинке ниже (Рис.1). Красным обозначены атомы, обращенные в сторрону большой бороздки, это атомы C5,C4, O4 и C7. Синим - атомы, повёрнутые в сторону малой бороздки, это атомы C2, O2, N1. Линией "раздела" была взята продолженная водородная связб между тимином и комплиментарным ему алденином(7:A.N3-8:B.N1). Углерод C6 попал на эту линию, поэтому я не отнесла его ни к одной из групп. Во второй части задания необходимо было проанализировать сгенерированные с помощью команды fiber пакета 3DNA структуры (5 раз повторенное 'gatc') A, B и Z ДНК и определить в программе Jmol шаг спирали, количество нуклеотидов на виток, длины большой и малой бороздки с указанием фосфоров, от которых производились измерения. Результаты предоставлены в таблице ниже.(Таблица 1)
| A-форма | B-форма | Z-форма | |
| Тип спирали (правая или левая) | Правая | Правая | Левая |
| Шаг спирали (Å) | 28.03 | 33.75 | 43.50 |
| Число оснований на виток | 11 | 10 | 12 |
| Ширина большой бороздки | 16.81 (15A-28B) | 17.21 (34B-4A) | 18.3 (12A-26B) |
| Ширина малой бороздки | 7.98 (4A-31B) | 11.69 (13A-32B) | 7.2 (11A-33B) |
Задание 3
Упражнение 1
Для заданного тРНК (1g59) требовалось с помощью пакета 3DNA получить файл *.out, в котором указаны значения торсионных углов, и сравнить их со значениемя торсионных углов A,B и Z-форм ДНК. Для того, чтобы их сравнить, были взяты медианные значения. Результат можно видеть на Рис. 2. Оказалось, что тРНК 1g59 больше похожа на A-форму ДНК.
Упражнение 2
Дальнейший анализ структуры заключался в накождении координат пар оснований, состовляющих стебли тРНК, дополнительных пар, стабилизирующих структуру, а также некаонических пар оснований. В тРНК 1g59 цепи B и D свёрнуты в одинаковые по строению структуры, поэтому номера оснований, привидённые ниже, могу относиться к любой из них.
Пары оснований, дополнительно стабилизирующие структуру
Рис.2 Сравнение значений торсионных угловСтебли