Банки нуклеотидных последовательностей
Задание 1
На картинке - Varroa jacobsoni - один из видов эктопаразитических клещей, которые питаются гемолимфой китайских восковых, а с недавнего времени - и медоносных пчёл, что представляет некоторую опасность для колоний пчёл. Они обитают по всему миру, кроме Антарктиды, Австралии и центральной Африки. Долгое время в этот вид включали и более опасный Varroa destructor, пока в 2000 году на основании различий митохондриальной ДНК его не выделили в отдельний вид.
| Число сборок | 1, она же лучшая |
| Название | vjacob_1.0 |
| AC | GCA_002532875.1 |
| assembly level | Scaffold |
| Длина последовательности | 365.586 Mb |
| Число скэффолдов | 4,881 |
| Scaffold N50 | 233,810 |
| Scaffold L50 | 482 |
| Число конигов | 8,241 |
| Contig N50 | 96,009 |
| Contig L50 | 1,168 |
| Число аннотированных белков | В данной сборке не аннотированы |
| Ссылка на публикацию с описанием проекта | Varroa jacobsoni isolate: VJ856 |
| ССылка на последовательность одного из контигов в формате fasta. | Кликая на WGS, по этой ссылке можно попасть на список контигов. Скачен vj_3.fasta |
Задание 2
Здесь в базе данных по Nuleotides в NCBI с помощью "advanced search" проводился поиск геномов длины 30-40 килобаз семейства вирусов Podoviridae. Строка поиска - " ((Podoviridae[Organism]) AND 30000:40000[Sequence Length]) AND "Complete Genome" ". В GenBank было найдено 229 геномов, в RefSeq - 78. После этого был выбран один геном Escherichia phage EG1. Кодирующие последовательности были скачены со страницы генома (Send to с галочкой на Coding Sequences). Результаты представлены в таблице ниже.
| Латинское название и TaxID вида | Escherichia phage EG1, 2053563 |
| AC | MG488277.1 |
| Тип генома | linear dsDNA |
| Хозяина вируса | Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 |
| Ссылка на fasta файл, предположительно с CDS | Escherichia phage EG1_CDS.fasta |
Задание 3
Требовалось описать 7 любых ключей, использующихся в feature table и привести примеры их использования. Предпочтение отдавалось неизвестным и интересным ключам. Информация о ключах взята с NCBI, а примеры получены с помощью "advanced search" по вводу ("Key"[Feature key]) AND 1000:20000[Sequence Length].
D-loop 15436..16362
/gene="D-loop"
От Displacement loop - "петля смещения". Участок митохондриальной ДНК, который взаимодействует с участком ДНК, вытесняя комплиметарную цепь и образуя петлеобразную структуру.
STS 395..916
/standard_name="D10Bir17"
STS - Sequence Tagged Site - короткая одноцепочечная последовательность ДНК, которая может быть использована для идентификации с помощью ПЦР
misc_RNA 1..1391
/gene="LOC116094409"
/product="elongation factor 1-gamma pseudogene"
/pseudo
/db_xref="GeneID:116094409"
misc_RNA - любой транскрипт или продукт РНК, который нельзя определить другими ключами (prim_transcript, precursor_RNA, mRNA, 5'UTR, 3'UTR, exon, transit_peptide, polyA_site, rRNA, tRNA, and ncRNA)
misc_binding complement(13495..13701)
/inference="COORDINATES: nucleotide
motif:Rfam:12.0:RF00230"
/inference="COORDINATES: profile:INFERNAL:1.1.1"
/note="T-box leader; Derived by automated computational
analysis using gene prediction method: cmsearch."
/bound_moiety="tRNA"
/db_xref="RFAM:RF00230"
misc_binding - сайт нуклеионовой кислоты, которая ковалентно или нековалентно связывается с другим фрагментом, который не может быть описан другим ключом, говорящем об участке связывания (primer_bind or protein_bind)
primer_bind complement(932..951)
/note="reverse_primer"
primer_bind - нековалентный участок связывания праймера для инициации транскрипции, репликации или обратной транскрипции.
variation 758..764
/gene="Arsb"
/replace="cccccccc"
variation - в родственной цепочке есть стабильные мутации в том же гене, например, полиморфизмы.
J_segment 1..61
/gene="TARP"
/gene_synonym="CD3G; TCRG; TCRGC1; TCRGC2; TCRGV"
/note="J segment TRGJP"
J_segment - соединительный пептид тяжёлой и лёгкой цепей иммуноглобулина или цепей альфа, бета и гамма рецептора Т-клеток