Таблица 1. Выбранные бактерии

Название	Мнемоника
Bacillus anthracis	BACAN
Clostridium botulinum	CLOBA
Geobacillus kaustophilus	GEOKA
Lactobacillus acidophilus	LACAC
Listeria monocytogenes serovar 1/2a	LISMO
Moorella thermoacetica	MOOTA
Staphylococcus aureus	STAAR
Staphylococcus epidermidis	STAES

Скобочная формула: ((LACAC,((STAAR,STAES),(LISMO,(GEOKA,BACAN)))),(MOOTA,CLOBA));

Ветви дерева

У дерева есть пять нетривиальных ветвей:
1){GEOKA,BACAN} vs {LISMO,STAAR,STAES,LACAC,MOOTA,CLOBA}
2){STAAR,STAES} vs {GEOKA,BACAN,LISMO,LACAC, MOOTA,CLOBA}
3){GEOKA,BACAN,LISMO} vs {STAAR,STAES,LACAC,MOOTA,CLOBA}
4){GEOKA,BACAN,LISMO,STAAR,STAES} vs {LACAC,MOOTA,CLOBA}
5){GEOKA,BACAN,LISMO,STAAR,STAES,LACAC} vs {MOOTA,CLOBA}
Изображение получено с помощью программы MEGA.

Изображение дерева

Рис.1 Филогенетическое древо выбранных бактерий 

Рис.2 Соответствие таксонов нетривиальным ветвям дерева 

Таксономия

С помощью таксономического браузера NCBI была получена таксономия для каждой выбранной бактерии (см. Рис. 2).

5ая нетривиальная ветвь разделяет классы Clostridia и Baccilli

4ая - порядки Baccillales и Lactobaccillales

3ая не соотвествует установленным таксонам (ни один таксон не группирует GEOKA,BACAN и LISMO вместе)

2ая отделяет семейство Staphyloccaceae от отстальных

1ая отделяет семейство Bacillaceae от остальных

Таблица 2. Таксоны, к которым принадлежат выбранные бактерии

Superkingdom	Bacteria	Bacteria	Bacteria	Bacteria	Bacteria	Bacteria	Bacteria	Bacteria
Bacteria group	Terrabaceria group	Terrabaceria group	Terrabaceria group	Terrabaceria group	Terrabaceria group	Terrabaceria group	Terrabaceria group	Terrabaceria group
Phylum	Firmicutes	Firmicutes	Firmicutes	Firmicutes	Firmicutes	Firmicutes	Firmicutes	Firmicutes
Сlass	Baccili	Baccili	Baccili	Bacilli	Bacilli	Bacilli	Clostridia	Clostridia
Order	Baccillales	Baccillales	Baccillales	Baccillales	Baccillales	Lactobacillales	Clostridiales	Thermoanaerobacterales
Family	Bacillaceae	Bacillaceae	Listeriaceae	Staphylococcaceae	Staphylococcaceae	Lactobacillaceae	Clostridiaceae	Thermoanaerobacteraceae
Genus	Bacillus	Geobacillus	Listeria	Staphylococcus	Staphylococcus	Lactobacillus	Clostridium	Morella
Species group	Bacillus cereus group	Geobacillus thermoleovorans group	-	-	-	-	-	Moorella group
Species	Bacillus anthracis	Geobacillus kaustophilus	Listeria monocytogenes	Staphylococcus aureus	Staphylococcus epidermidis	Lactobacillus acidophilus	Clostridium botulinum	Moorella thermoacetica

FastME vs MEGA

В данном задании предлагалось сравнить работу консольной программы FastME и программы MEGA при составлении дерева по методу Минимальной эволюции.
Программа Fastme принимает на вход формат PHYLIP - в первой строке этого формата указано количество таксонов и длину последовательностей, далее идет выравнивание, по 60 символов на строку. Переконвертировать выравнивание в формат phy легче всего в Jalview - попытки проделать это с помощью seqret или в онлайн-конвертерах оканчиваются неудачей, так как все последовательности отличаются по длине. Fastme можно запускать без аргументов, но лучше сразу указать все параметры:
1) -i alignment.phy
2) -p надо указать, что на ввод подаётся выравнивание белковых последовательностей, а не матрица расстояний или нуклеотидные последовательности
3) -m BalME какая-то сбалансированная версия метода минимальной эволюции
На выходе - txt файл с формулой дерева в Newick-формате (которому лучше поменять расширение на nwk прежде чем рисовать картинку в MEGA)
Результат оказался довольно похожим, картинки, нарисованные в MEGA можно увидеть ниже (Рис. 3,4). Как можно заметить, программы в большинстве мест согласуются друг с другом - единственное различие в том, что FastME группирует вместе MOOTA и CLOBA, а MEGA - нет. Однако они довольно сильно расходятся с деревом, данным для работы в практикуме 1 и 2!

Рис.3 MEGA, метод минимальной эволюции

Рис.4 FastME, метод минимальной эволюции

Рис.5 "Исходное" дерево