Часть 1

Название вашего файла с ID и количество ID в списке: list24.txt с 22 ID

Сколько ID участвовало в результате в анализе обогащения? Если меньше, чем было в списке изначально – укажите причину: участвовало 22 ID

Сколько GO terms оказалось в выдаче? Почему именно столько? В выдаче оказалось 123 GO terms - все, что прошли соотвествующий порог p-value (FDR<0.05)

Cписок десяти самых значимых GO terms: pteridine-containing compound metabolic process (GO:0042558), folic acid-containing compound metabolic process (GO:0006760), coenzyme metabolic process (GO:0006732), one-carbon metabolic process (GO:0006730), tetrahydrofolate metabolic process (GO:0046653), folic acid metabolic process (GO:0046655), cofactor metabolic process (GO:0051186), dicarboxylic acid metabolic process (GO:0043648), carboxylic acid metabolic process (GO:0019752), oxoacid metabolic process (GO:0043436)

Граф с 5 самых значимых GO terms, полученный с помощью QuickGO,представлен на Рис. 1 .

Все узлы свзяаны соотношением "is a", кроме coenzyme metabolic process (GO:0006732), который оказался не связанным ни с одной вершиной графа.Почти все исследуемые ID участвуют в клеточном метаболизме.

 Рис. 1 Граф с 5 самых значимых GO terms

 Рис. 2 Граф взаимодействий белков

Часть 2

Для скольких узлов указано наличие 3D-структур (смотрите подсказки в Legend)? Для всех. На графе это можно увидеть по тому, что все шарики заполненны струтурами

Какими типами взаимодействий связаны узлы вашего графа? Типы большинства взаимодействий известны из курированых баз данных(голубые), хотя некоторые определены экспериментально(розовые). Подавляющее большинство связей определено с помощью анализа текстовой информации - textmining (салатовый), некоторые связи - из-за соседства белков (зелёный). Многие белки коэкспрессируются (чёрный), а некоторые известны из-за совместной встречаемости генов (синий). PRPF31 оказался не включенным в общий граф.

Представленность изучаемого набора белков в различных организмах представлена на Рис. 3. Видно, что некоторые белки (например, DLD,GLDC) довольно консервативны, особенно для Opisthoconta и ближайших групп.

На Рис. 4 представленны данные о коэкспрессии генов данных белков. Видно, что среди всех организмов ген AMT часто коэкспрессируется с 4 другими генами, а GCSH - c GLDC. У человека коэкспрессия проявляется хуже, но тенденция к ней есть, например, у DHFR и GCSH.

 Рис. 3  Представленность генов. Интенсивность цвета отражает score выравнивания.  

 Рис. 4  Gene coexpression