KEGG
В данном практикуме предлагналось с помощью базы данных KEGG получить информацию о метаболическом пути map00471. Это путь метаболизма D-глутамина и D-глутамата.
Его схема представлена на Рис.1.
Для дальнейшего анализа была выбрана реакиция R01583 - циклизация D-глутамата с образованием 5-оксо-D-пролина и воды. Она выделена на схеме зелёным (Рис.1)
Схема реакции представлена на Рис.2
Катализирует реакцию D-глутамат циклаза (она же D-глутамат гидролиаза) с номером EC 4.2.1.48. 4 означает, что фермент принадлежит к классу лиаз - ферментов, катализирующих реакции негидролитического и неокислительного разрыва различных химических связей, 2 - к подклассу, расщепляющие углерод-кислородные связи, 1 - указывет на то, что это гидролиаза, то есть что в процессе реакции образуется вода. Поcледнее число - это номер фермента внутри своей подгруппы.
Метаболический путь был найден для Escherichia coli K-12 и Danio Rerio. Их схемы представлены на Рис. 3 и 4. Зелёным отмечены присутствующие у организма гены
Для Danio Rerio в KEGG описано 26581 белок-кодирующих гена, 386 РНК и 340 метаболических путей.
Рис. 1 Схема матаболического путя map00471
