Мембранные белки

Для выполнения данного практикма был выбран глутамат-зависимый канал-переносчик ионов хлора (Uniprot AC: P02943, PDB ID: 4TNW). Они встречаются только у первичноротых беспозвоночных, но родственны рецепторами глицина у млекопитающих. Они контролируют передвижение, питание и принимают участие в передаче сенсорных сигналов[1]. Связывание трансмембранного домена рецептора с ивермиктином, который используется для лечения речной слепоты, вызывает стадибизацию открытой конформации, оказывая паралитическое воздействие на нематод[2,3]
Картинка с предсказаними трансмембранных участков (Рис. 1) была построена с помощью сервиса TMHMM. Предсказано 4 траснмембранных участка, представленных альфа-спиралями, 3 участка расположены вне клетки, ещё 2 - внутри.
Визуализация структуры была выполнена с помощью RCSB PDB и PDBe(Рис.2,3).
Источники:
1. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/23038250/
2.https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/21572436/
3.https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/16527366/

 Рис. 1. Результат работы TMHMM

 Рис. 2. Структура из RCSB PDB

 Рис. 3. Структура из PDBe