Рис. 1. Лиганд-белковые взаимодействия. Желтым представлены водородные связи, фиолетовым - пи-стекинг взаимодействия. 
Углероды лиганда также покарашены желтым цветом. 

Ccылка на сессию pymol

Об исследуемом белке

Изображенный на Рис. 1 белок - аденозиновый рецептор А2 А (PDB ID: 1uhr). Он представляет из себя 7 трансмембранных альфа-спиралей, c внуклеточными и внутриклеточными участками и маленькой альфо-спиралью H8 на внутриклеточной стороне. Считается, что рецепторы A 1 и A 2A регулируют потребность миокарда в кислороде и увеличивают коронарное кровообращение за счет расширения сосудов. Кроме того это рецептор может подавлять работу иммунных клеток, защищая ткань от воспаления. Представленный на рисунке лиганд - CGS-21680 - является одним из его агонистов и является объектом нескольких медицинских исследований. Например, так как рецептор адензина А2 умеет образовывать гетородимер с дофаминовым рецептором D2, ингибируя его, агонист CGS-21680 может снимать эффекты сенсомоторного подавления в неонатальной модели шизофрении, вызванной квинпиролом. Другие работы показывают, что CGS-21680 может быть важным регулятором воспаления. Как следствие, он может снижать прогрессию коллаген-вызванного артрита у мышей.

О взаимодействии белка с лигандом

На Рис. 1 представлены нековалентные взаимодействия CGS-21680 c с рецептором. Пуриновое кольцо лиганда вступает в пи-стекинг взаимодействие с отстатком Phe-168. Кроме того, NH2 группа аденинового франмента образует водородные связи с отсатками Glu-169 и Asn-253, а азот N3 также образует водородную связи с Asn-253. His-250, Ser-277, Thr-88 и His-278 формируют водородные связи с двумя гидрокисльнымим, карбонильной и аминогруппами лиганда.

Литература

1. https://zenodo.org/record/1233204
2. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3399762/]
3. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32772144/
4. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/21756897/
5. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/21765105/