Главная (Main)

Программа BLAST

1. Результаты поиска гипотетических гомологов белка ACPS_BACSU

	Поиск по Swiss-Prot	Поиск по PDB	Поиск по "nr"
1. Лучшая находка
Accession	P96618.1	1F7L_A	NP_388343.1
E-value	2e-65	7e-65	6e-64
Вес (в битах)	246	241	246
Процент идентичности	100%	99%	100%
2. Сколько хороших кандидатов в гомологи найдено? (число находок в списке описаний с E-value < 1e-10)	278	7	751
3. "Худшая из удовлетворительных" находка (последняя в выдаче с E-value < 1)
Номер находки в списке описаний	438	18	1597
Accession	A9B2B6.1	2UV9_A	XP_764319.1
E-value	0.59	0.020	0.94
Вес (в битах)	32.7	33.9	37.0
% идентичности	33%	28%	35%
% сходства	51%	43%	54%
Длина выравнивания	119	114	54
Координаты выравнивания (от-до, в запросе и в находке)	6-115; 5-124	5-115; 1761-1875	68-121; 106-160
Число гэпов	16%	12%	9%

Краткий комментарий к таблице

Исходный белок удалось найти в Swiss-Prot, а его структуру в PDB.
Число явных гомологов (E-value < 1e-10) при поиске по разным БД оказалось больше в "nr", так как содержит в себя все белковые последовательности из разных источников.
В Swiss-Prot 100 находок, E-value самой последней находки - 7e-17; в "nr" 100 находок, E-value самой последней находки - 1e-23. В данном случае число находок было лимитировано заданным по умолчанию предельным размером выдачи (100). В PDB 29 находок, E-value самой последней находки - 7,9. В данном случае число находок было лимитировано значением E-value=10.

2. Поиск гипотетических гомологов изучаемого белка с фильтром по таксонам

Лучший гомолог был найден у Bacillus anthracis (другой вид того же рода).

Accession Q81JG3.1

E-value 9e-33

Вес (в битах) 129

% идентичности 55%

% сходства 71%

Длина выравнивания 120

Координаты выравнивания (от-до, в запросе и в находке) 1-121; 1-119

Число гэпов 2%

3. Сравнение выравниваний, выданных программой BLASTP, с оптимальными глобальным и локальным выравниваниями.

Выравнивание BLAST

Score =  129 bits (325),  Expect = 9e-36, Method: Compositional matrix adjust.
 Identities = 66/121 (55%), Positives = 86/121 (71%), Gaps = 2/121 (2%)

Query  1    MIYGIGLDITELKRIASMAGRQKRFAERILTRSELDQYYELSEKRKNEFLAGRFAAKEAF  60
            MI GIG+DI EL RI  M   + +F ERILT +E +    L   R  EF+AGRFAAKEA+
Sbjct  1    MIVGIGIDIIELNRIEKMLDGKLKFMERILTENERNVAKGLKGSRLTEFVAGRFAAKEAY  60

Query  61   SKAFGTGIGRQLSFQDIEIRKDQNGKPYIICTKLSQAAVHVSITHTKEYAAAQVVIERLS  120
            SKA GTGIG+++SF DIE+R D  GKP +I +  ++  VH+SI+H+KE+A AQVV+E  S
Sbjct  61   SKAVGTGIGKEVSFLDIEVRNDDRGKPILITS--TEHIVHLSISHSKEFAVAQVVLESSS  118

Query  121  S  121
            S
Sbjct  119  S  119

Оптимальное полное выравнивание needle

# Length: 121                                                                    
     # Identity:      66/121 (54.5%)                                                  
     # Similarity:    86/121 (71.1%)                                                  
     # Gaps:           2/121 ( 1.7%)                                                                                                                              
     # Score: 311.0                                                                   
     #                                                                                
     #                                                                                
     #=======================================                                                                                                     
                                                                                                                                                        
     ACPS_BACSU         1 MIYGIGLDITELKRIASMAGRQKRFAERILTRSELDQYYELSEKRKNEFL     50      
                          ||.|||:||.||.||..|...:.:|.|||||.:|.:....|...|..||:                                                                                                               
     ACPS_BACAN         1 MIVGIGIDIIELNRIEKMLDGKLKFMERILTENERNVAKGLKGSRLTEFV     50   
                                                                                      
     ACPS_BACSU        51 AGRFAAKEAFSKAFGTGIGRQLSFQDIEIRKDQNGKPYIICTKLSQAAVH    100   
                          |||||||||:|||.|||||:::||.|||:|.|..|||.:|.:  ::..||          
     ACPS_BACAN        51 AGRFAAKEAYSKAVGTGIGKEVSFLDIEVRNDDRGKPILITS--TEHIVH     98   
                                                                                      
     ACPS_BACSU       101 VSITHTKEYAAAQVVIERLSS    121                                
                          :||:|:||:|.||||:|..||                                       
     ACPS_BACAN        99 LSISHSKEFAVAQVVLESSSS    119

Оптимальное частичное выравнивание water

# Length: 121                                                                                                 
     # Identity:      66/121 (54.5%)                                                                                                                                     
     # Similarity:    86/121 (71.1%)                                                    
     # Gaps:           2/121 ( 1.7%)                                                    
     # Score: 311.0                                                                     
     #                                                                                  
     #                                                                                  
     #=======================================                                           
                                                                                        
     ACPS_BACSU         1 MIYGIGLDITELKRIASMAGRQKRFAERILTRSELDQYYELSEKRKNEFL     50     
                          ||.|||:||.||.||..|...:.:|.|||||.:|.:....|...|..||:            
     ACPS_BACAN         1 MIVGIGIDIIELNRIEKMLDGKLKFMERILTENERNVAKGLKGSRLTEFV     50     
                                                                                        
     ACPS_BACSU        51 AGRFAAKEAFSKAFGTGIGRQLSFQDIEIRKDQNGKPYIICTKLSQAAVH    100     
                          |||||||||:|||.|||||:::||.|||:|.|..|||.:|.:  ::..||            
     ACPS_BACAN        51 AGRFAAKEAYSKAVGTGIGKEVSFLDIEVRNDDRGKPILITS--TEHIVH     98     
                                                                                        
     ACPS_BACSU       101 VSITHTKEYAAAQVVIERLSS    121                                  
                          :||:|:||:|.||||:|..||                                         
     ACPS_BACAN        99 LSISHSKEFAVAQVVLESSSS    119

Accession	Q81JG3.1
E-value	9e-33
Вес (в битах)	129
% идентичности	55%
% сходства	71%
Длина выравнивания	120
Координаты выравнивания (от-до, в запросе и в находке)	1-121; 1-119
Число гэпов	2%