Программа MEME

1. Поиск мотивов программой MEME

a) Было найдено 3 мотива.

б) Мотив 1:

• нашёлся для всех 7-и последовательностей;
• координаты для ACPS_BACSU: 20-69;
• P-value для ACPS_BACSU: 1.54e-47;
• длина 50;
• E-value 2.8e-096.

Мотив 2:

• нашёлся для всех 7-и последовательностей;
• координаты для ACPS_BACSU: 99-118;
• P-value для ACPS_BACSU: 8.15e-21;
• длина 20;
• E-value 6.2e-031.

Мотив 3:

• нашёлся для всех 7-и последовательностей;
• координаты для ACPS_BACSU: 1-14;
• P-value для ACPS_BACSU: 6.96e-16;
• длина 15;
• E-value 2.6e-0.21.

2. Сравнение блоков (частичных выравниваний), найденных MEME, c полным выравниванием, выданным muscle

Блоки в составе выравнивания muscle

Участок выравнивания, включающий блок №1:

Участок выравнивания, включающий блок №2:

Участок выравнивания, включающий блок №3:

Вывод: выравнивание последовательностей, содержащих мотив, в MEME совпадает c выравниванием этих последовательностей в MUSCLE. Но в выравнивании muscle было обнаружено больше мотивов, чем в MEME.

3. Поиск найденных мотивов в других последовательностях.

Полученный файл MAST

1) В 71 последовательности нашёлся мотив 1; в 1 последовательности встретился мотив 2 (из 100, имевшихся в seed.fasta).

2) К сожалению, ни в одной последовательности не нашлись все мотивы.

3) В целом, выравнивание, взятое из Pfam, соответствут мотивам.