Множественное выравнивание последовательностей.

1. Muscle и GeneDoc

Я получила выравнивание вирусных белков, называемых "малыми дельта-антигенами", посредством программы muscle и посмотрела на него в GeneDoc:

Описания:

• Фиолетовым цветом отмечены столбцы с процентом конссервативных остатков - 100%, розовым - 80%, бирюзовым - 60%;
• Цифры: над выравниванием - номер столбца выравнивания, в правой части выравнивания - номер последнего в строке остатка из этой последовательности, под выравниванием - функционально консервативная позиция;
• * - "звёздочка" указывает на каждый 10-ый столбец;
• Большие буквы внизу - консервативный остаток, малые буквы внизу - консервативные остатки, процент которых от 80% - 100%.

2. Выравнивание набора гомологов белка ACPS_BACSU.

• Участки с повышенной долей консервативных позиций: координаты как столбцам выравнивания - 1 )1-15; 2) 21-31; 3)45-79; 4) 103-120; по остаткам белка ACPS_BACSU - 1)1-15; 2)21-31; 3)45-79; 4)101-118.
• Участки, где выравнивание недостоверно, то есть скорее всего не имеет биологического смысла: 121-135
• Группы сходных аминокислот, которые образуют в моём выравнивании функционально консервативные позиции: ILV, KR, FY, ST. Группа, которая встретилась среди функционально консервативных позиций больше всего раз: ILV. При добавлении группы DE (аспаргат и глутамат) появляются новые функционально консервативные позиции.