| seq1 | A | A | K | – | – | E | A | F | S | K | A | F | G | T | G | I | G | R | Q | L | S | F |
| seq2 | F | A | K | M | K | Q | T | F | S | K | F | F | G | L | G | – | G | P | Q | L | S | F |
| Вес | –2 | 4 | 5 | –12 | –2 | 2 | 0 | 6 | 4 | 5 | –2 | 6 | 6 | –1 | 6 | –12 | 6 | –2 | 5 | 4 | 4 | 6 |
Вес выравнивания: 36
2. Выравнивание, полученное программой stretcher, совпало с выравниванием, построенном мною. Вес выравнивания посчитанный мною также совпал с весом, выданным программой.
3. Программы needle (полное) и water (частичное) для выравнивания последовательностей моего белка: ACPS_BACSU и родственногоему: ACPS_VIBCH.
a) В частичное выравнивание вошли участки: 1-118 (для ACPS_BACSU) и 1-125 (для ACPS_VIBCH)
b) Локальное выравнивание совпадает с "ограничением" глобального на эти участки.
c) Больший вес имеет частичное выравнивание (water): 247,5>245,5. Вес оптимального глобального выравнивания не может быть больше веса оптимального локального выравнивания, так как при глобальном выравнивании появляется больше гэпов (из-за меньшего сходства, чем в локальном), а следовательно вес будет меньше.