Главная (Main)

Паттерны и банк ProSite

1. Паттерны по множественному выравниванию и поиск по паттернам в банке данных Swiss-Prot. (Белок ACPS_BACSU)

Фрагмент выравнивания для дальнейшего исследования отмечен фиолетовым, синим и оранжевым цветами.

Характеристика паттерна Паттерн В скольких последовательностях банка Swiss-Prot найден мотив, удовлетворяющий паттерну? Все ли последовательности из Вашего выравнивания найдены?
Фрагмент последовательности QNGKPYII 1 только последовательность белка ACPS_BACSU
Сильный [QDAE]-[TKSDNY]-G-[RAK]-P-[EVHYS]-[IVM]-[VTIA]-[KQ] 8 2
Слабый [QDAE]-X-G-[RAK]-P-X-[IVM]-[VTIA]-[KQ] 198 2

2. Все описанные в PROSITE мотивы в заданном белке ACPS_BACSU

Идентификатор документа PROSITE (AC) Название мотива Краткое описание мотива Тип подписи (паттерн, профиль) Паттерн (регулярное выражение) Специфична ли подпись? Сколько мотивов нашлось в белке?
PS00008 MYRISTYL N-myristoylation site паттерн G-{EDRKHPFYW}-x(2)-[STAGCN]-{P} неспецифична 2
PS00006 CK2_PHOSPHO_SITE Casein kinase II phosphorylation site паттерн [ST]-x(2)-[DE] неспецифична 3
PS00007 TYR_PHOSPHO_SITE Tyrosine kinase phosphorylation site паттерн [RK]-x(2)-[DE]-x(3)-Yor[RK]-x(3)-[DE]-x(2)-Y неспецифична 1
PS00005 PKC_PHOSPHO_SITE Protein kinase C phosphorylation site паттерн [ST]-x-[RK] неспецифична 1


© Лунева Анна