PSI-BLAST

1. Итеративный поиск программой PSI-BLAST по банку Swiss-Prot для четырёх аминокислотных последовательностей.

ID белка	AC белка	Число итераций	Для первой итерации			Для последней итерации
			Число находок выше порога (0,005)	Худшее E-value выше порога	Лучшее E-value ниже порога	Число находок выше порога (0,005)	Худшее E-value выше порога	Лучшее E-value ниже порога
MINC_ECOLI	P18196	6	162	0.005	0.006	882	0.002	0.38
SSRP_ECOLI	P0A832	2	514	3e-10	5.6	514	5e-31	0.36
RP5M_RHIME	P17265	4	14	0.001	0.005	25	9e-15	0.14
ACPS_BACSU	P96618	4	432	0.003	0.006	458	5e-07	0.015

Я убедилась, что в среднем достаточно 3-4 итераций, лишь для первой последовательности понадобилось провести больше. Что касается "разрыва" между значениями E-value у худшей находки выше порога и лучшей – ниже порога: от итерации к итерации он меняется неравномерно: Например: для 3 "разрыв" между значениями E-value увеличивался, а для 2 уменьшался.

2.

Для последовательности P18196 список не стабилизировался после пятой итерации, поэтому я провела поиск снова, изменив порог с 0,005 на 0,001. Список стабилизировался на 3 итерации из-за ужесточения E-value. Чтобы итерации вели себя так же, как при пороге 0,001 можно поставить значение порога 0,002, тогда список стабилизируется на 4 итерации.