Главная (Main)

1. Поиск в геноме участков, кодирующих белки, похожие на заданный

Поиск гомологов белка ACPS_BACSU в геноме бактерии S. agalactiae

Число находок с E-value < 0,001 1
E-value лучшей находки 2e-22
Название последовательности с лучшей находкой embl|AL766852|AL766852 Streptococcus agalactiae NEM316, complete genome
Координаты лучшей находки от 161612 до 161265
Процент последовательности белка, вошедший в выравнивание с лучшей находкой 97%

2. Нахождение записи EMBL по последовательности программой BLASTN

а) Эта последовательность присутствует в записи EM_PRO: AB012203.

b) Координаты заданной последовательности в записи:778229-778408; соответстует самой записи.

c) В поле FT полученной записи EMBL описан участок, включающий данную последовательность. Это ген rfbA, его направление прямое относительно заданной последовательности.

3. Поиск гомологов гена программой BLASTN

Только подняв порог на E-value удалось найти 2 гомолога. Находка с самым маленьким e-value:AL766844, e-value=0,16. В моём случае оказалось, что искать лучше по аминокислотной последовательности, то есть по tblastn.


© Лунева Анна