Главная (Main)

Геномные браузеры

1. EnsEMBL

Знакомство с порталом EnsEMBL я начала с введения последовательности одного из экзонов гена человека HLA-A,
полученного в заданиях 2-3 по EMBL в качестве запроса поиска нуклеотидной последовательности в человеческом
геноме сервисом "BLAST/BLAT". Для начала я отметила то, что ввести данные можно 4-мя различными способами,
большой выбор видов, в геноме которых следует искать последовательность, а также возможность самому настроить
чувствительность поиска.Все параметры моего поиска я оставила по умолчанию и в результате получила страницу с
результатами “Display”.
Количество находок можно регулировать ( по умолчанию 100, у меня 15), а также можно их сортировать по E-value,
P-value, % Identity и т.д. На странице результатов есть картинка, отображающая положение выравниваемых участков
в хромосомах.Ниже приведён графический вид выравнивания, а под ним таблица этих выравниваний. В таблице по
умолчанию отображаются начало, конец, длина выравнивания, E-value.Перед таблицей также есть и другие данные,
которые можно выбрать для таблицы, среди которых есть и не очень понятные, например Clone, Lrg. В левой колонке
таблицы есть ссылка на "Contig view", если пройти по этой ссылке, то можно попасть на страницу, состоящую из
трёх картинок. На первой картинке указан участок хромосомы, где были обнаружены последовательности. Следующая
картинка даёт нам более подробное описание участка хромосомы. Сама хромосома представлена чередующимися синими
и голубыми полосками, т. е. различными контигами. Далее по легенде можно определить гены, кодирующие белки и РНК,
псевдогены. По третьей картинке можно получить информацию о названии генов, их аннотацию, процент CG пар и т. д.,
если следовать легенде ниже картинки.
На сайте я обнаружила раздел “Blog” , в котором опубликована различная интересная информация, так же здесь я
обнаружила, что портал сотрудничает с различными социальными сетями, среди которых есть такие масштабные как
Facebook и Twitter, что естественно является очень полезным для распространения информации.

2. Другие геномные браузеры.

На странице Contig view можно перейти сразу к трём другим геномным браузерам: UCSC, NCBI, Vega. Честно сказать,
в UCSC показался мне перегруженным различными параметрами, и сходу сложно разобраться что к чему. Визуализация
в NCBI довольно таки лаконична и, по-моему, это дает большое преимущество браузеру. Vega практически ничем не
отличается от EnsEMBL на первый взгляд, разве что более приятными и сочетающимися друг с другом цветами.