Главная (Main)

Исследование ДНК-белковых взаимодействий в структуре комплекса REPLICATION PROTEIN E1 и E1 RECOGNITION SEQUENCE

  1. Краткое описание структуры в файле 1KSX.pdb

    2. В файле приведены координаты атомов следующих молекул из ESCHERICHIA COLI: E1 RECOGNITION SEQUENCE (4), REPLICATION PROTEIN E1(8).
    Для исследования были выбраны цепи K и O, представляющие ДНК со следующей последовательностью:

                                                                          
цепь K  [1] 5' - ataattgttgttaacaacaat - 3' [12]         
                 |||||||||||||||||||||               
цепь O [21] 3' - taacaacaattgttgttaata - 5' [1]

  2. Функции белка, структура которого представлена в файле 1KSX.pdb

    3. АТФ-зависимая ДНК геликаза необходимая для начала вирусной репликации ДНК.
    Образует комплекс с вирусным белком Е2.Е1-Е2 комплекс связывается с
    оригинальной репликацией, которая содержит сайты связывания для обоих белков.

  3. Исследование структуры ДНК

    4. С помощью программ find_pair и analyze определен B форма ДНК.
    Средние значения торсионных углов для внутренних нуклеотидов (Excel)
    Самый "кривой" нуклеотид со значениями торсионных углов, наиболее отклоняющимися от средних – С 12.
    По изменению значений торсионных углов заметно, что связывание с белком приводит к деформации ДНК.

  4. Исследование природы ДНК-белковых контактов

    5. 1)Скрипт, в котором определены множества атомов, необходимые для выполнения

    2) Контакты разного типа в комплексе 1KSX.pdb

    Контакты атомов белка с Полярные Неполярные Всего
    остатками 2'-дезоксирибозы 0 8 8
    остатками фосфорной кислоты 12 25 37
    остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки 0 4 4
    остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки 0 6 6

    Связывание ДНК с белком осуществляется в основном засчет остатков фосфорной кислоты.

  5. Получение популярной схемы ДНК-белковых контактов с помощью nucplot

  6. Возможные распознающие контакты

    7. аминокислотный остаток с наибольшим числом указанных на схеме контактов с ДНК

    аминокислотный остаток, по-моему мнению, наиболее важный для распознавания последовательности ДНК

    Особенностью данной молекулы ДНК являются острые концы. Начало обоих концов представлены аденином,

    которые связываются фенилаланимом 182. Один из цепи I, другой из цепи M.

  7. Характеристика ДНК-связывающего домена PPV_E1__N

    8. Начало репликации ДНК генома вируса папилломы является многоступенчатым

    процессом, который включает вирусные E1 белковые субъединицы и начало репликации.
    Здесь мы захватили структурные снимки двух последовательных шагов в процессе
    сборки. Каждый мономер E1 имеет две ДНК-связывающих модули: ДНК-связывающий
    цикл, который соединяется с одной нитью ДНК и ДНК-связывающие спирали, которые
    связывается с противоположной цепью.Характер связывания ДНК является обязательным
    механизмом перехода между двух-и одноцепочечной ДНК.
    © Лунева Анна