Главная (Main)

1. Знакомство со структурой банка EMBL посредством поисковой системы SRS.

a. Дата последнего проиндексированного в системе релиза EMBL:08-Sep-2011, количество записей:71833235.

b. Cписок классов ("Data Class") банка EMBL — их обозначения и описания.

CON Constructed sequence не проиндексирован
EST Expressed Sequence Tag не проиндексирован
GRV Genome Reviews не проиндексирован
GSS Genome Survey Sequence 32578894
HTC High Throughput cDNA sequencing 533398
HTG High Throughput Genome sequencing 145701
MGA Mass Genome Annotation не проиндексирован
PAT Patent 22346593
SET Project set (EMBL WGS Masters only) не проиндексирован
STD Standard 11737741
STS Sequence Tagged Site 1322285
TSA Transcriptome Shotgun Assembly 3168623
WGS Whole Genome Shotgun не проиндексирован

c. Список разделов ("Divisions") банка EMBL.

ENV Образцы среды 6637887
FUN Грибы 2219095
HUM Человек 10687844
INV Беспозвоночные 5906093
MAM Другие млекопитающие 5765536
MUS Mus musculus (мышь) 4779883
PHG Бактериофаги 8082
PLN Растения 17132180
PRO Прокариоты 1467025
ROD Грызуны 1265394
SYN Синтетические 3632878
TGN Трансгенные 265545
UNC Неклассифицированные 7500493
VRL Вирусы 1177936
VRT Другие позвоночные 3387364

2. Описание гена в записи банка EMBL

Ген HLA-H : a)направлен прямо относительно направления
b)Число кодирующих участков: 8
c)Длина первого кодирующего участка: 300
d)Длина последнего кодирующего участка: 73
e)Длина первого интрона: 167
f)Длина последнего интрона: 124

3. Нахождение белка по фрагменту гена

Самый длинный кодирующий участок.

Краткая инструкция: на странице http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/ выбрала программу blastx, в поиске Swissprot, в поле "organism" - "human"
Нашлось много белков, но из-за ограничения программа выдала 100, среди
которых 7 белков на 100% идентичны: 1A03_HUMAN, 1A24_HUMAN, 1A01_HUMAN, 1A36_HUMAN, 1A11_HUMAN, 1A30_HUMAN, 1A23_HUMAN.

4. Ссылки из записи банка Swiss-Prot на записи банка EMBL

Записи EMBL, в которых описан ген белка ACPS_BACSU.

ID записи Тип молекулы Класс данных Дата внесения в банк Описание Длина последовательности
AB001488 genomic DNA STD 13-MAR-1997 Bacillus subtilis genome sequence, 148 kb sequence of the region between 35 and 47 degree. 148068
AL009126 genomic DNA STD 18-JUL-2002 Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 complete genome. 4215606

Ген белка описан в двух записях EMBL, одна из которых относится к собственно гену, кодирующему белок, а другая - ко всему геному бактерии.

© Лунева Анна