Главная (Main)

Исследование структуры тРНК

  1. Краткое описание структуры в файле 1QRT.pdb

    2. В файле приведены координаты атомов следующих молекул из ESCHERICHIA COLI: тРНК GLN2, белок глутаминил-тРНК синтетаза..
    Для исследования была выбрана цепь B, представляющая тРНКT GLN2 со следующей последовательностью:

    [2] 5' - UGGGGUUCGCCAAGCGGUAAGGCACCGGAUUCUGAUUCCGGCAUUCCGAGGUUCGAAUCCUCGUACCCCAGCCA - 3' [76],


    В последовательности на 3'-конце есть триплет CCA, к которому присоединяется аминокислота, в pdb приведены координаты его атомов.

  2. Исследование вторичной структуры

    3. С помощью программы find_pair пакета 3DNA были определены возможные водородные связи между азотистыми основаниями (выходной файл ). В соответствии с полученными данными
    акцепторный стебель состоит из участка 2-7 и комплементарного ему участка 66-77.
    Т-стебель 49-53, 61-65;
    D-стебель 10-12, 23-25;
    антикодоновый стебель 26-33, 37-44.

    Изображение в RasMol остова исследуемой тРНК, где акцепторный стебель выделен красным, Т-стебель - зеленым, D-стебель - синим, антикодоновый - оранжевым.
    Рис.1. Вторичная структура тРНК GLN2 из ESCHERICHIA COLI

    Скрипт для получения изображения

    select all

    color pink

    backbone 125

    restrict not protein

    wireframe off

    select 2-7:B, 66-71:B

    color red

    select 49-53:B, 61-65:B

    color green

    select 10-12:B, 23-25:B

    color blue

    select 26-933:B, 37-44:B

    color orange

    background white

    Структуру стеблевых дуплексов поддерживают 20 канонических и 9 неканонических пар оснований.
    Неканоническая пара U54-A58

    а)вариабельная петля 45-48;
    а)отсутствие остатка тимидина в Т-петле ;
    а)отсутствие дигидроуридинов в D-петле;

  3. Исследование третичной структуры

    4. 1. Исследование возможности стекинг-взаимодействия между основаниями конца акцепторно стебля и начала Т-стебля. Данные в пользу стекинг-взаимодействия и картинка иллюстрирующая наложение оснований: основаия A7-C49, G65-U66. Площадь перекрывания: 8.01.

    2. Между основаниями D- и Т-петель есть дополнительные водородные связи. Номера нуклеотидов в структуре:G19-C56, количество канонических пар: 1.

  • Предсказание вторичной структуры тРНК

    •   Позиции в структуре (по результатам find_pair) Результаты предсказанияс помощью einverted Результаты предсказания по алгоритму Зукера
    Акцепторный стебель 2-7; 66-71 6 пар 1-9; 62-70 предсказано 9 пар 1-6; 65-70 6 пар
    D-стебель 10-12; 23-25 3 пары не предсказаны 9-11; 21-23 3 пары
    T-стебель 49-53; 61-65 5 пар не предсказаны 47-52; 58-63 6 пар
    Антикодоновый стебель 26-33; 37-44 8 пар не предсказаны 25-29; 37-41 5 пар
    Общее число канонических пар нуклеотидов 22 9 19

    Предсказание вторичной структуры тРНК по алгоритму Зукера.

    Я получила изображениес помощью online-версии программы mfold. Картинку с лучшим предсказанием оказалась по счету четвёртой. Значение параметра P=20.

    © Лунева Анна