Занятие 3 1. Укоренение в среднюю точку Почему это нельзя укоренить деревья, построенные методом максимальной экономии? Алгоритм максимальной экономии не оценивает длины ветвей. Почему не имеет смысла укоренять дерево, построенное методом UPGMA? Алгоритм UPGMA строит укорененные деревья. Изображение укоренённого дерева Дерево полностью совпадает с правильным, но укоренилось в ветвь {LACDA, LACAC} против {BACAN,BACSU,ENTFA, LACLM, STRP1, STRPN} 2. Использование внешней группы Изображение дерева, укоренённого при помощи внешней группы(ECOLI) ,>>1:IF2 STRPN ,>13 ,>>>>>>>>>>>>>12 `>>2:IF2 STRP1 ! ! ! `>>>>>3:IF2 LACLM ! ! ,>>>>>4:IF2 ENTFA ,>11 ,>16 ! ! ! ! ,>>5:IF2 BACSU ! ! ,>15 `>17 ! ! ! ! `>>6:IF2 BACAN -10 `>>>>>>>14 ! ! ! `>>>>>>>>7:IF2 LACDA ! ! ! `>>>>>>>>>>>8:IF2 LACAC ! `>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>9:IF2 ECOLI Укоренение произошло в ветвь STRPN, STRP1, LACLM против остальных, вместо того, чтобы произойти в ветвь BACAN, BACSU против остальных, как это было на исходном дереве. 3. Бутстрэп Дерево из выходного файла программы fconsense +-------IF2 LACAC +----------59.0-| | +-------IF2 LACDA +--99.0-| | | +---------------IF2 LACLM | +-100.0-| | | +-------IF2 STRPN +-------| +-100.0-| | | +-------IF2 STRP1 | | | | +-------IF2 BACSU | +-----------------100.0-| | +-------IF2 BACAN | +---------------------------------------IF2 ENTFA Реконструкция дерева, по сравнению с полученной программой fprotpars, улучшилась. Так, появилась ветвь LACAC, LACDA против всех, которая была в исходном дереве, но не была в дереве, полученным программой fprotpars. 5 ветвей получили поддержку: {LACAC, LACDA} против {BACSU, BACAN, STRPN, STRP1, LACLM, ENTFA}- 59.00 {BACSU, BACAN} против {LACAC, LACDA, STRPN, STRP1, LACLM, ENTFA}- 100.00 {STRPN, STRP1} против {LACAC, LACDA, BACAN, BACSU, LACLM, ENTFA}- 100.00 {STRPN, STRP1, LACLM} против {LACAC, LACDA, BACAN, BACSU, ENTFA}- 100.00 {STRPN, STRP1, LACLM, LACAC, LACDA} против {BACAN, BACSU, ENTFA} - 99.00 В файле была обнаружена еще одна ветвь, которая не отображена на полученном дереве, но есть в правильном: {LACAC, LACDA,BACSU, BACAN} против {STRPN, STRP1, LACLM, ENTFA}, она получила поддержу 1.00. Также в файле указана неправильная ветвь {STRPN, STRP1, LACL, LACAC} против {LACDA, BACAN, BACSU, ENTFA}, которая получила поддержу 41.00 © Лунева Анна