Главная (Main)

Занятие 7. Классификация ферментов (EC)

1. Сбор информации о ферменте OCTC_HUMAN:

EC 2.3.1.137

2 - трансфераза

3 - ацетилтрансфераза

1 - перенос не аминоацильных, а других групп

137 - карнитин О-октанинтрансфераза

Реакция: 

 octanoyl-CoA + L-carnitine = CoA + L-octanoylcarnitine

Cохранение функции фермента у белков со сходными последовательностями

С помощью SRS были найдены белки класса 1 Mus musculus, всего - 1360

Список белков с указанием ID белка и ЕС-кода

Совпадения по классификации ( команда grep -c):

подкласс 2.3 - 170

подподкласс 2.3.1 - 150

порядковый номер 2.3.1.137 - 1

Программой 

 blastp -query octc_human.fasta -db mouse -evalue 10 -out octcout

было найдено 12 белков, из них 7 можно считать достоверными гомологами.

Номер
в выдаче
blastp		ID белкаНазвание (функция)E-valueEC-код
1OCTC_MOUSEPeroxisomal carnitine O-octanoyltransferase;0.02.3.1.137
2CACP_MOUSECarnitine O-acetyltransferase;8E-842.3.1.7
3CLAT_MOUSECholine O-acetyltransferase;9E-712.3.1.6
4CPT1A_MOUSECarnitine O-palmitoyltransferase 1, liver isoform;1E-672.3.1.21
5CPT2_MOUSECarnitine O-palmitoyltransferase 2, mitochondrial;2E-662.3.1.21
6CPT1B_MOUSECarnitine O-palmitoyltransferase 1, muscle isoform;2E-622.3.1.21
7CPT1C_MOUSECarnitine O-palmitoyltransferase 1, brain isoform;2E-552.3.1.21
8ECE2_MOUSEEndothelin-converting enzyme 2;0.0262.1.1.-
9MK15_MOUSEMitogen-activated protein kinase 15;1.52.7.11.25
10FAS_MOUSEFatty acid synthase;5.72.3.1.-
11NMNA3_MOUSENicotinamide mononucleotide adenylyltransferase 3;6.62.7.7.-
12TITIN_MOUSETitin;10.02.7.11.1
© Лунева Анна