Занятие 10-11 1. Описание выбранного домена AC: PF00782 ID: DSPc Функция: серин-треониновая и тирозиновая фосфатазы. Число разных доменных архитектур с этим доменом: 582 Число представителей по таксонам высшего порядка (царствам - если представлен в разных царствах): Eukariota - 274, Bacteria - 544, Archaea - 43 Ссылка на страницу домена в Pfam 2.Выбор архитектур 3042 последовательность с данной архитектурой Для дальнейшей работы были выбраны 30 эукариотические последовательности с доменом Piwi длиной от 270 до 320 а.о. 228 последовательностeй с данной архитектурой Второй домен в данной архитектуре - Rhodanese (PF00581), катализирует превращение цианида (CN-) в тиоцианат (SCN-). Для дальнейшей работы были выбраны 11 эукариотических, 14 бактериальных и 8 архейских последовательности с доменом Piwi длиной от 270 до 320 а.о. ссылка на выравнивание всех представителей 3.Выбор представителей ссылка на выравнивание выбранных представителей ссылка на таблицу 4.Филогенетическое дерево Таксоны: a - Archaea b - Bacteria e - Eucariota Архитектуры: 1 - 2 - Дерево построено по алгоритму Neibor-Joining, не укоренено и без учета молекулярных часов. Выводы: На дереве выделяется ветвь представителей со 2й архитектурой (отмечена розовым цветом), в которой, однако, есть 3 представителя с 1й(отмечены желтым). Причем, архитектура 2 характерна только для эукариот, из чего можно предположить, что архитектура 1 является исходной для всех 3х таксонов, а архитектура 2 появляется у эукариот. А наличие 3х представителей с 1й архитектурой на ветви со всеми вторыми можно объяснить вторичной потерей домена. ссылка на файл со скобочной формулой 5. Выбор групп Для создания профилей я выбрала разделение по архитектурам. 6. Построение профилей Профиль 1 Рекомендуемый порог - 7.5 Профиль 2 Рекомендуемый порог - 11.5 7.Поиск по Swiss-Prot Профиль 1 42 находки в Swiss-prot. На 24 находки: 8 имеют архитектуру 1, 14 - архитектуру 2, 1 - иную архитектуру, 1 - не содержит исследуемый домен. Профиль 2 117 находок. На 73 белка у 24 - архитектура 1, у 59 - архитектура 2. Вывод: не удалось создать профили, отличающие 2 архитектуры. © Лунева Анна