| PDB код | Тип | Число цепей, образующих одну ТМ единицу | Число трансмембранных участков в ТМ единице | Число остатков в одном трансмембранном участке (типичное, минимальное, максимальное) | Толщина мембраны в ангстремах | Наклон спиралей/тяжей к нормали в градусах | Какая мембрана, организм, "код транспортера", функция белка |
| 3cx5 | спираль | 10 | 24 | 23,19,32 | 27.2 | 0 | электрон-траспортирующий комплекс цитохромов bc1 и b6f внутренней митохондриальной мембраны,Saccharomyces cerevisiae ,3.D.3.2.1 |
| 2a9h | спираль | 4 | 2 | 24,16,24 | 31.8 | 27-28 | Калиевый канал Ksca в плазматической мембране Streptomyces lividans (потенциал-зависимый), 1.A.1.1.1 |
| 4a01 | спираль | 2 | 16 | 18,16,21 | 32.0 | 8 | Протон-транспортирующая пирофосфотаза в мембране вакуоли Vigna radiata, 3.A.10 (TCDB) |
| 3kvn | баррель | 1 | 12 | 11,11,14 | 24.4 | 4 | автотраснпортер N-концеого домена эстеразы ESTA, внешняя мембрана грам-отрицательных бактерий, Pseudomonas aeruginosa, 1.B.12.8.1. |
| 1bxw | баррель | 1 | 8 | 9, 8, 11 | 25.4 | 11 | наружняя мембрана,1.B.6.1.1, ESCHERICHIA COLI, трансмембранный белок |
| 3bry | баррель | 1 | 14 | 14,10,15 | 25.4 | 2 | Переносчик толуена TbuX во внешней мембране грамм-отрицательной бактерии Ralstonia pickettii, 1.B.9.2.3 |
Исходя из таблицы, можно заметить, что толщина мембран значительно варьирует
в зависимости от типа мембраны и организма. В таблице представлены в основном внешние
мембраны,разница в толщине не значительная (чуть большее значение у эукариотической мембраны).
Кроме того, наблюдаются порой большие различия в min и max числах остатков.
Результаты предсказания ТМНММ:
Заданный гомолог: CXB2_HUMAN (PDB ID: 2ZW3).
Его пространственная структура:
Выравнивание и файл jar.
Из размеченного выравнивания видно, что результаты предсказания трансмембранных спиралей с использованием разных методов приблизительно схожи. Предсказание PDBTM оказось менее точным из-за областей (обозначенных зеленым),принадлежность которых к какому-либу типу неизвестна.
Данный белок является α-спиральным трансмембранным белком, состоящим из 6 субъединиц (предсказано при сравнении с гомологом), каждая из которых содержит 4 трансмембранных участка (предсказаны всеми методами). Трансмембранная часть белка по размерам превышает цитоплазматическую и экстрацеллюлярную.