Занятие 5. Gene Ontology 1. Опишите функцию "своего" белка с помощью аннотации Gene Ontology Описание функции белка ACPS_BACSU в соответствии с GO-аннотацией   Онтология GO (название словаря) Количество разных ассоциированных терминов GO Функция белка (краткое описание, близкое к тексту определения термина(ов) GO Где? Component 1 цитоплазма Зачем, для чего? Process 3 биосинтетические процессы Молекулярный механизм? Function 4 связывание иона металла Специфичность? - 0 - 2. Описание термина GO, ассоциированного с моим белком Описание терминов GO GO ID выбранного термина Список синонимов Список ближайших родительских терминов GO с указанием типа связи Список ближайших дочерних терминов GO с указанием типа связи GO:0009059 exact: macromolecule anabolism; macromolecule biosynthesis; macromolecule synthesis GO:0008897 exact: 4'-phosphopantetheinyl transferase activity; acyl carrier protein holoprotein (holo-ACP) synthetase activity; alpha-aminoadipate reductase phosphopantetheinyl transferase activity - GO:0005737 - Изображение графов родительских терминов. GO:0009059 GO:0008897 GO:0005737 3. Описание протеома бактерии Magnetospirillum magneticum Число белков протеома: 4559 Процент белков, котроым приписан хоть один термин GO: 0,6 % Термины из словаря "функция" встречаются чаще: В словаре "локализация" чаще всего встречаются такие термины как: GO:0005886 (плазмалемма) - 11 раз; GO:0005737 (цитоплазма) - 12 раз; В словаре "функция": GO:0046933 (транспорт ионом водорода) - 5 раз; GO:0005524 (связывание АТФ) - 10 раз; GO:0009073 (биосинтетические процессы ароматических аминокислот) -4 раза; GO:0009423 (биосинтетический процесс хоризмат-синтазы) - 4 раза; GO:0015986 (синтез АТФ) - 8 раз. Результат в таблице Excel. 4. Получение выборки последовательностей белков с заданной функцией Орангутан - лат. Pongo, англ. Orangutan Ранг: genus ID: 9599 Репликация ДНК - DNA replication Выбранный GO ID: GO:0006260. Относится к словарю "biological process". Запрос SRS: ([uniprot-Taxonomy:Pongo*] > ([uniprot-DbName:GO*] & [uniprot-DBxref:GO:0006260*])) Запрос дал 62 результата: ссылка © Лунева Анна