Занятие 4 1. Построение дерева по нуклеотидным последовательностям Название AC записей EMBL, описывающих полные геномы Координаты рРНК Bacillus anthracis AE017225 9336-10845 Bacillus subtilis AL009126 9810-11364 Lactobacillus delbrueckii CR954253 1359934-1361495 Lactococcus lactis AP012281 475434-475549 Enterococcus faecalis AE016830 248466-249987 Streptococcus pyogenes AM295007 17043-16671 Streptococcus pneumoniae FM211187 1871237-1872649 Lactobacillus acidophilus CP000033 59255-60826 Выравнивание последовательностей 16S рибосомальной РНК данных бактерий, построенное с помощью muscle, было подано на вход программе fdnadist, а полученная матрица расстояний - программе fneighbor. Полученное дерево: +-LACDA ! ! +-ENTFA ! +-5 ! ! ! +BACAN ! ! +-2 1--6 +-BACSU ! ! ! ! +---LACLM ! +-4 ! ! +STRP1 ! +-3 ! +-STRPN ! +-LACAC Если сравнивать с правильным деревом, то можно заметить, что отсутствует ветвь {BACAN, BACSU, LACDA, LACAC} против {ENTFA, LACLM, STRP1, STRPN}, зато появилась ветвь {BACAN, BACSU,ENTFA} против {LACDA, LACAC, LACLM, STRP1, STRPN}. Построение и анализ дерева, содержащего паралоги Из файла, содержащего записи банка UNIPROT была создана база данных для проведения поиска программой blastp гомологов белка CLPX_BACSU в выбранных бактериях. 14 из найденных во всех бактериях гомологов (включая сам CLPX_BACSU) относились к выбранным восьми бактериям. Их последовательности были найдены в Swissprot и выровнены. С помощью программ fprotdist и fneighbor построено их дерево: +--------------CLPC_BACSU +-------------------------------------1 ! +-----------CLPE_BACSU ! ! +----CLPY_BACSU ! +---3 ! ! +---HSLU_BACAN ! +------------5 ! ! ! +-------HSLU_ENTFA ! ! +--4 ! ! ! +---HSLU_LACAC ! ! +---2 6---7 +---HSLU_LACDA ! ! ! ! +-CLPX_BACSU ! ! +----8 ! ! ! +--CLPX_BACAN ! +-------------11 ! ! +----CLPX_ENTFA ! +-12 ! ! +----CLPX_LACLM ! +-10 ! ! +--CLPX_STRP1 ! +-9 ! +--CLPX_STRPN ! +----------------------------------------------------FTSH_STRPN Ортологи: HSLU_LACAC и HSLU_LACDA, CLPX_BACSU и CLPX_BACAN, CLPX_STRP1 и CLPX_STRPN. Паралоги: CLPC_BACSU и CLPE_BACSU. © Лунева Аннa