Анализ молекулярной динамики биологических молекул в GROMACS.

Моя задача: Моделирование перехода ДНК из А в В форму.

Номер задачи: 331823

Силовое поле используемое при построении топологии: amber99sb.

Заряд системы: -10.

PDB файл с анимацией перехода ДНК из A- в B-форму: dna_pbc_1.pdb

B-форма молекулы ДНК образуется в момент t= 9800.00000

Определение средне-квадратичного отколнения в ходе моделирования:

Так как у нас происходит конформационный переход, сначала расчитаем отклонение в ходе всей симуляции относительно стартовой структуры..:

...и относительно каждой предидущей структуры на растоянии 400 кадров:

В основном равномерное распределение, но наблюдаются пики вначале и конце, а на втором графике еще дополнительный пик где-то посередине.

Определите изменение гидрофобной и гидрофильной поверхности в ходе конформационного перехода:

Гидрофобная (красный) поверхность и гидрофильная (зеленый) остаются более менее одинаковыми на протяжении всего моделирования.

Расчёт колчества образуемых водородных связей.

Количество водородных связей между цепями ДНК:

Количество вдородных связей ДНК-Вода:

По обоим графикам видно, что количество водородных связей меняется в процессе перехода, на первом графике пик вначале.