Гомологичное моделирование комплекса белка с лигандом

Мой белок LYS_BPP22 - лизоцим из Enterobacteria phage P22 (Bacteriophage P22, EC=3.2.1.17)

1. Файлы:

Структура, отредактированная согласно описанию: 1lmp_now.ent

Выравнивание, получено в Clustal и отредактировано согласно описанию: alignment.pir

Скрипт на питоне, тоже отредактированный, как надо: lys_bpp22.py

Полученные модели:

Первая: 1.pdb

Вторая: 2.pdb

Третья: 3.pdb

Четвертая: 4.pdb

Пятая: 5.pdb

3. Проверка

Для моделей 1 - 5 проверялось наличие аномальных длин связей.

    Номер модели  Количство связей  
        1             1            
        2             1            
        3             1            
        4             1            
        5             1            

Для моделей 1 - 5 проверялось наличие аномальных углов.

    Номер модели  Количство углов  
        1             59           
        2             25           
        3             35           
        4             40           
        5             38           

Выбрала модель 2.