1. С помощью программы из openbabel построена 3D структура порфирина:
Структура порфирина после проведения оптимизации с параметризацией PM6:
Структура порфирина после проведения оптимизации с параметризацией AM1:
После оптимизации в обоих случаях структура порфирина получается плоской.
2.Рассчет возбужденных состояний порфирина и спектр поглощения молекулы.
Исходные данные:
STATE ENERGY (EV) Q.N. SPIN SYMMETRY POLARIZATION
ABSOLUTE RELATIVE X Y Z
1+ 0.000000 0.000000 1+ SINGLET ????
2 1.915176 1.915176 1 TRIPLET ????
3 2.267958 2.267958 2 SINGLET ????
4 2.466034 2.466034 2 TRIPLET ????
5 2.827124 2.827124 3 TRIPLET ????
6 3.366044 3.366044 4 TRIPLET ????
7 3.393080 3.393080 3 SINGLET ???? 0.1971 0.2425 0.0019
8 3.669831 3.669831 4 SINGLET ???? 2.4324 1.9886 0.0142
9 3.872391 3.872391 5 SINGLET ???? 1.5095 1.8154 0.0135
Используя полученные данные и формулу E = hv рассчитываем длину волн,при которых возможны эти переходы:
1 0 2 647.877793 3 547.100079 4 503.156080 5 438.891255 6 368.622632 7 365.685454 8 338.108213 9 320.422189
3. Определение геометрии молекулы O=C1C=CC(=O)C=C1 с помощью obgen...:
... и Мopac с типом параметризации PM6:
Структуры выглядят идентично.
Определение геометрии дианиона этой молекулы:
Сравнивая геометрию двух молекул: рис.1-хинон, рис.2-дианион, можно заметить, что атомы кислорода стали дальше от кольца, связи вытянулись.
4. Переход тиминового димера в тимины при возбуждении системы
Заряд системы 0:
TOTAL ENERGY = -3273.58217 EV
Заряд системы +2:
TOTAL ENERGY = -3253.90834 EV
Заряд системы 0:
TOTAL ENERGY = -3273.59661 EV