Визуализация молекул в JMol

5LLK: Crystal structure of human alpha-dystroglycan

Ссылка на просмотр скрипта

Параметры водородных связей между остовными атомами во вторичной структуре

имена атомов длина связи (nm) угол N-O-C
альфа-спирали
1 O(343THR)-N(404ALA) 0.279 164.4
2 O(1935ASP)-N(1999ARG) 0.288 158.6
бета-тяжи
1 O(2262VAL)-N(2681LEU) 0.273 173.9
2 O(1335PHE)-N(1040ILE) 0.274 170.8

Таким образом, расстояние между атомами, участвующими в водородной связи, в среднем составляет 0.2785 nm, причем в альфа-спиралях это расстояние меньше, чем в бета-листах. Угол N-O-C в среднем равен 167°, что соответствует отклонению от оптимального угла (180°) на 13°. В связях внутри альфа-спирали отклонение угла от оптимального больше, чем между бета-тяжами.