Выравнивание последовательностей

Задание 1

Protein Name ID 1 ID 2 Score % Identity % Similarity GapsIndels
Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit alpha ACCA_ECOLI ACCA_BACSU 814,5 51,166,0144
AllantoinaseALLB_ECOLI ALLB_BACSU 776 35,9 54,9 279
Fructose-bisphosphate aldolase class 2 ALF_ECOLI ALF_BACSU 279 25,3 41,09813

Полное рекомендуемое название белка с ID alf_bacsu - Probable fructose-bisphosphate aldolase, то есть оно отличается от ID alf_ecoli, указанного в таблице.

Задание 2

Protein Name ID 1 ID 2 Score % Identity % Similarity Gaps Indels Coverage 1 Coverage 2
Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit alpha ACCA_ECOLI ACCA_BACSU 823,5 53,8% 69,6% 3 2 97,8% 95,0%
Allantoinase ALLB_ECOLI ALLB_BACSU 779 36,8% 56,8% 12 6 95,8% 96,4%
Fructose-bisphosphate aldolase class 2 ALF_ECOLI ALF_BACSU 289 27,5% 43,2% 78 12 88,0% 89,1%

Задание 3

Protein Name1 Protein Name2 ID 1 ID 2 Score (global/local) % Identity (global/local) % Similarity (global/local) Gaps (global/local) Indels (global/local) Coverage 1 Coverage 2
Malate synthase G 6-phospho-beta-glucosidase GmuD masz_ecoli gmud_bacsu 42,5 / 56,0 4,4 / 20,0 7,6 / 34,3 890 / 75 15 / 11 28,1% 30,1%

По характеристикам выравнивания однозначно видно, что белки неродственные. Даже в локальном выравнивнивании процент идентичных и сходных аминокислот очень мал.

Задание 4

Глобальное выравнивание белков allb_ecoli и allb_bacsu в виде проекта Jalview

Задание 5

Результат множественного выравнивания последовательности белка acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit alpha
Однозначно видно: белки более родственных организмов (арабидопсис и горошек, кишечная палочка и e.coli) выравниваются заметно лучше между собой, чем между группами. Порфира занимает неоднозначное положение. АССА арабидопсиса и горошка значительно длинне, чем АССА из других трех организмов.
Имеются консервативные последовательности длиной от 1 до 10 аминокислот, совпадающие во всех организмах.
Интересное решение наблюдается на участке 411-598 выравнивания: две части последовательности белка кишечной палочки, e.coli и порфиры разделены инделем больше чем в 180 инделей. Занятно, что делеция такого большого фрагмента оказалась более вероятной, чем замена нескольких нуклеотидов.