Работа с базами данных на примере белка пектинэстеразы А

Наименования белка

UniProt AC P0C1A9
UniProt ID PMEA_DICD3
Рекомендуемое имя:Pectinesterase (PE A)
Идентификатор RefSeq Protein: WP_013318985.1
Идентификаторы PDB:2NSP; 2NST; 2NT6; 2NT9; 2NTB; 2NTP; 2NTQ. Структура определена для аминокислотных
остатков 25-366, в базе PDB представлена 2 цепями

Кластеры UniRef

UniRef 100 (UniRef100_P0C1A9) представлен 2 белками, один из которых содержит все 366 аминокислот,
другой те 342, для которых определены структуры.
UniRef 90 (UniRef90_P0C1A9) содержит 25 белков, все из бактерий одного рода dickeya
UniRef 50 (UniRef50_P0C1A9) содержит 104 белка бактерий разных родов, относящихся к
семейству энтеробактерий

Сеансы поиска UniProt

Текст запроса Нашлось белков Из них reviewed Интересности
Ищем пектинэстеразу
По полному Recname name:"pectinesterase a" 116 9 По этому запросу в TrEMBL нешелся монстр в 2.411 аминокислот
По короткому Recname name:"pe a" 51 2 Результат не слишком осмысленный, потому что в названия оставшихся 49 белков включено название гена, с которого они синтезируются (ABC.PE.A). К пектинэстеразе они отношения не имеют
В данном организме name:"pe a" AND organism:"Dickeya dadantii (strain 3937) (Erwinia chrysanthemi (strain 3937)) [198628]" 1 1 Для полного имени результат идентичный
Внутри семейства name:"pectinesterase a" taxonomy:pectobacteriaceae 3 2
Внутри отдела name:"pectinesterase a" taxonomy:proteobacteria 24 2
Ищем актин
В любых организмах name:actin 66.779 1.138
В грибах name:actin taxonomy:fungi 27.113 215
В бурых водорослях name:actin taxonomy:phaeophyceae 18 3
Что касается трипсина
Вообще name:trypsin 18.951 311 Из них 5.645 трипсиноподобных протеаз, а не собственно трипсина
Ингибиторы name:trypsin name:inhibitor 3.914 210 из них 5 ингибиторов трипсиноподобных протеаз