Практикум 10

1. Карта локального сходства двух полипротеинов

Карта выравнивания

Номер выравнивания	AC 1	AC 2	Score	Identities	Positives	Gaps	Длина выровненного участка в белке 1	Длина выровненного участка в белке 2	Покрываемые белки полипротеина 1	Покрываемые белки полипротеина 2
1	P03300	P03309	253 bits (645)	28%	48%	55 (8%)	615	644	Protease 3C, RNA-directed RNA polymerase	Picornain 3C, RNA-directed RNA polymerase 3D-POL
2	P03300	P03309	158 bits (399)	33%	47%	66 (16%)	384	336	Protein 2B, Protein 2C	Protein 2C

2. Сравнение веса выравнивания со случайным

Пара белков	AC 1	AC 2	Score	Медиана	Верхний квартиль	Вероятность получить такое же или лучшее выравнивание случайно
Предположительно родственных	P08100	P41591	1581	57,25	67,5	8,88e-46
Предположительно неродственных	Q9NZC3	Q99LY2	172,5	39,0	45,5	3,28e-7

По-видимому, в обеих парах белки были родственными

3. Поиск гомологов пептидазы М20

ID	AC	Организм	Score	Identities	Positives	Gaps	Expect	Процент покрытия
DAPE_BRUAB	Q576T3	Brucella abortus biovar 1 (strain 9-941)	97.4 bits (241)	27%	40%	40 (9%)	5e-21	91.3%
YODQ_BACSU	O34984; Q796B3; Q7BVV8;	Bacillus subtilis (strain 168)	97.1 bits (240)	26%	42%	16 (4%)	1e-20	78,2%