Выравнивание с использованием разных программ
Задание 1. Отличия между тремя выравнивания одних и тех же последовательностей, построенные разными программами (Tcoffee, Muscle, Mafft)
Ссылка на проект jalview
Выранивались полипротеины HCV и Zika (polypr_HCV1 и polypr_ZIKVF соответственно).
Рис.1 Аминокислота аланин 58 из полипротеина вируса зика в трех выравниваниях сопоставлена с: гэпом, глицином 45, серином 53.
Рис. 2 Аминокислота тирозин 132 из полипротеина вируса зика в трех выравниваниях сопоставлена с: глицином 63, лейцином 119, с гэпом.
Рис.3 Аминокислота глутамин 409 из полипротеина HCV в трех выравниваниях сопоставлена с: гэпом, лейцином 583, глицином 572.
Наиболее правдоподобным мне показалось первое выравнивание, где встречаются длинные индели. Они кажутся вероятными для полипротеинов вирусов из разных, хоть и близких, родов (семейство Flaviviridae, роды Flavivirus и Hepacivirus).