Практикум 1. Построение филогенетического дерева

Отобранные бактерии

Название Мнемоника
Burkholderia cenocepacia BURCA
Neisseria meningitidis NEIMA
Roseobacter denitrificans ROSDO
Serratia proteamaculans SERP5
Shewanella denitrificans SHEDO
Thiobacillus denitrificans THIDA
Yersinia pestis YERPE

Скобочная формула дерева

((((BURCA, THIDA), NEIMA), (SHEDO, (SERP5, YERPE))), ROSDO);

Изображение дерева

Нетривиальные ветви дерева

1) {BURCA, THIDA, NEIMA} против {SHEDO, SERP5, YERPE, ROSDO}
2) {BURCA, THIDA, NEIMA, ROSDO} против {SHEDO, SERP5, YERPE}
3) {BURCA, THIDA} против {NEIMA, ROSDO, SHEDO, SERP5, YERPE}
4) {BURCA, THIDA, NEIMA, ROSDO} против {SHEDO, SERP5, YERPE}
5) {SERP5, YERPE} против {BURCA, THIDA, NEIMA, ROSDO, SHEDO}
6) {SERP5, YERPE, SHEDO} против {BURCA, THIDA, NEIMA, ROSDO}

Таксономия

1. BURCA: cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Betaproteobacteria; Burkholderiales; Burkholderiaceae; Burkholderia; Burkholderia cepacia complex, Burkholderia cenocepacia
2. NEIMA: cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Betaproteobacteria; Neisseriales; Neisseriaceae; Neisseria, Neisseria meningitidis
3. ROSDO: cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Alphaproteobacteria; Rhodobacterales; Rhodobacteraceae; Roseobacter, Roseobacter denitrificans
4. SERP5: cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacterales; Yersiniaceae; Serratia, Serratia proteamaculans
5. SHEDO: cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Alteromonadales; Shewanellaceae; Shewanella, Shewanella denitrificans
6. THIDA: cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Betaproteobacteria; Nitrosomonadales; Thiobacillaceae; Thiobacillus, Thiobacillus denitrificans
7. YERPE: cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacterales; Yersiniaceae; Yersinia; Yersinia pseudotuberculosis complex, Yersinia pestis

 Подпишем ветви, соответствующие каким-либо таксонам