Практикум 7. Трансмембранные белки.

1. База данных OPM

Белок	Gap junction alpha 3 protein (PDB ID - 6MHQ)	DcaP porin (PDB ID - 6EUS)
Толщина гидрофобной части	31.4 ± 0.6 Å	23.8 ± 0.6 Å
Трансмембранные сегменты	1 (21- 46), 2 (74- 91), 3 (147- 167), 4 (195- 220)	1 (74- 84),2 (106-116), 3 (131- 135), 4 (147- 154), 5 (159- 163), 6 (187- 197), 7 (205- 213), 8 (229- 236), 9 (244- 252), 10 (265- 274),11 (282- 289),12 (315- 324), 13 (332- 340),14 (359- 367),15 (375- 382),16 (394- 403)
Среднее количество остатков в одной трансмембранной спирали	21,75	7,81
Локализован	В цитоплазматической мембране эукариот	Во внешней мембране грамотрицательных бактерий
Изображение

2. Анализ предсказания трансмембранных спиралей

Последовательность белка, которая была использована при запуске сервисов Phobius и THMM:

>sp|Q9TU17|CXA3_SHEEP Gap junction alpha-3 protein OS=Ovis aries OX=9940 GN=GJA3 PE=1 SV=3
MGDWSFLGRLLENAQEHSTVIGKVWLTVLFIFRILVLGAAAEEVWGDEQSDFTCNTQQPG
CENVCYDRAFPISHVRFWVLQIIFVSTPTLIYLGHVLHLVRMEEKRKEREEEPPKAAGPA
EEHQDPAPVRDDRGKVRIAGALLRTYVFNIIFKTLFEVGFIAGQYFLYGFQLKPLYRCDR
WPCPNTVDCFISRPTEKTIFILFMLAVACVSLLLNVLEIYHLGWKKLKQGMTSPFRPDTP
GSRAGSAKPMGGSPLLLPPNSAPPAVTIGFPPYYAPSASSLGQASAPGYPEPPLPAALPG
TPGTPGTPGTLGGGGGNQGLRAPAQNCANREAEPQTSARKASPPASTPPAAPAGGPQQFL
PGGAAGSSGDSDGEGAVTAVELHAPPEPPADPGRSSKASKSSGGRARAADLAI

Результат:

Phobius	THMM

Видно, что предсказания обоих сервисов качественно совпадают: они оба предсказывают 4 трансмембранных участка, которые действительно присутствуют в структуре белка, и приблизительно точно (максимальная ошибка здесь - 9 нуклеотидов) определяют их координаты. Незамеченных или лишних трансмембранных участков нет.

3. База данных TCDB

В базе данных по pdb id белков из задания 1 ничего не нашлось.