Краткое описание генома вируса Persimmon cryptic

Persimmon cryptic virus относиться к семейству Partitiviridae к двухцепочечным РНК вирусам. Впервые был обнаружен в Japanese persimmon (лат. Diospyros kaki). Заболевание выражается в обширном отмирание тканей жилок листа. В таблице 1 приведены некоторые важные количественные и качественные показатели, характеризующие Persimmon cryptic virus [1]

Таблица 1. Основные параметры генома Persimmon cryptic virus

Параметр Значение
Английское (или латинское) название вируса Persimmon cryptic virus
Русское название вируса Загадачный вирус хурмы
Количество фрагментов в полном геноме 2
Общая длина генома (п.н.) 3068
Количество кодируемых в геноме полипептидов 2
Количество "зрелых" вирусных белков 2

Аминокислотная последовательность самого короткого белка в геноме

>YP_006390091.1 RNA dependent RNA polymerase
MALRSITGYEFHDFQSSLELLNQTHIHIVRRESGVTYHDEFALCELLVDNTRLYEQELEG
WSRSYYTGEQHMKAILQYSLPNTPIQDIDVGCYQQAMTNVQERLSSLPIVRAFDVLTQLD
QVSFESSSAAGYDYTGAKGPKNEGNHERAIRRAKAVLWSAIAQDGEGIEHVLRSSVPDVG
YTRTQLTDLSEKTKVRGVWGRAFHYILPEGTSADPLLQAFKEGGTFYHIGQDPTVSVPYI
LSDTAGKCAWLYALDWSSFDATVSRFEIHAAFDLLKQRIEFPNFETEQCYEICRQLFIHK
KIAAPDGKVYWAHKGIPSGSYYTSIIGSIINRLRIEYIWIKLRGHGPTICYTQGDDSLCG
DDERIEPERIADIANPIGWLINPAKTATTRYPEYITFLGRTCYGGLNHRDLIRCLRLLIY
PEYPVPSGAISAYRANSIAEDCGGTSSILNDIARRLTRKYGRVSHEEVPKELRVYRH
Источники: [1]FIRST REPORT OF PERSIMMON CRYPTIC VIRUS IN TURKEY M. Morelli, M. Arli-Sokmen
©Шкарина Анастасия Николаевна 2016