Анализ крупных перестроек геномов.

Задание 1.Выбор геномов.

Было выбрано 3 генома бактерии Legionella c соответствующими AC:

• CP016876.1
• CP003024.1
• CP003730.1

Задание 2.Параметры выравниваний.

Общее покрытие геномов гомологичными участками:

• CP016876.1/CP003024.1 : 72%
• CP003024.1/CP003730.1 : 77%
• CCP016876.1/CP003730.1 : 85%

Сходство на гомологичных участках:

• CP016876.1/CP003024.1 : 98%
• CP003024.1/CP003730.1 : 99%
• CCP016876.1/CP003730.1 : 98%

Задание 3.Карты локального сходства.

Карта локального сходства CP016876.1/CP003024.1
Видна инверсия участка на расстоянии 3М. Также заметны мелкие делеции на расстоянии до 1.5М (все значения относятся к оси х). Еще одна крупная перестройка - изменение порядка участков. Участок CP016876.1 от 0 до 1.45M соответствует участку CP003024.1 от 1.7M до конца. И участок CP016876.1 от 1.45M и до конца соответствует участку CP003024.1 от 0 до 1.7M соответственно.
Карта локального сходства CP003024.1/CP003730.1
Видны небольшие делеции на протяжении всей длины и одна значительная на расстоянии 2.5М (по оси x).
Карта локального сходства CCP016876.1/CP003730.1
Заметны инверсия на расстоянии 1.7М и делеция на 2.4М (по оси х).