Комплексы ДНК-белок

Задание 1

С помощью программы einverted(с параметрами threshold 0,1,5,10 были получены однаковые результаты) из пакета EMBOSS и алгоритма Зукера было получено предсказание вторичной структуры тРНК.

Участок структуры	Позиции в структуре	Предсказание einverted	Предсказание по Зукеру
Акцепторный стебель	5'-1-7-3' 5'-66-72-3' Всего 7 пар	Все пары предсказаны	Все пары предсказаны
D-стебель	5'-49-53-3' 5'-61-65-3' Всего 5 пары	Предсказано 0 из 5	Предсказано 4 пар из 5 реальных
Антикодоновый стебель	5'-39-44-3' 5'-26-31-3' Всего 6 пар	Предсказано 5 пар из 6 реальных	Предсказано 5 пар из 6 реальных
T-стебель	5'-10-16-3' 5'-59,48,8,22-25-3' Всего 7 пар	Предсказано 0 из 7	Предсказано 4 пар из 7 реальных
Число канонических пар нуклеотидов	22	12	20

Задание 2

С помощью Jmol были определены атомы кислорода в 2'-дезоксорибозе и остатках фосфорной кислоты и атомы азота в азотистых основаниях.


Ниже представлена таблица с описанием ДНК-белковых контактов в данном комплексе. Из неё видно, что больше всего контактов с атомами остатков 2'-дезоксирибозы. Неполярных контактов с остатками фосфорной кислоты нет, так как атомы принадлежащие этому остатку заряжены.

Контакты атомов белка с	Полярные	Неполярные	Всего
остатками 2'-дезоксирибозы	7	38	45
остатками фосфорной кислоты	12	0	12
остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки	4	10	14
остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки	11	6	17

Ниже представлена схема ДНК-белковых контактов

Самым важным нуклеотидом мне кажется 7 гуанин цепи D, он образует две связи с Arg35(B) и с Gly66(B)