Чтение последовательностей по Сэнгеру
Задание 1. Отчёт о прочтении хроматограммы
Ссылки на файлы с последовательностями, строчными буквами выделены проблемные нуклеотиды и полиморфизмы:
Прямая
Обратная
Проект с выравнивем из JalView
Ссылки на исходные файлы:
Прямая
Обратная
Описание проблемных нуклеотидов |
На обеих хроматограммах видно двойной пик: цитозина и тимина. Скорее всего это полиморфизм в исходной ДНК. |  |
На верхней хроматограмме видно два двойных пика: аденин и гуанин. Но на нижней хроматограмме явно видно два пика аденина. |  |
Аналогичная ситуация c пиками гуанина и тимина. |  |
Из-за шумов на хроматограмме трудно прочитать последовательность. Такая ситуация могла возникнуть при попадании пятна краски на детектор |  |
Характеристика хроматограммы
- Длины нечитаемых участков около 80 в начале и 115 в конце хроматограммы для прямой и перевёрнутой обратной последовательности.
- Отношение сигнала к шуму в среднем 10 к 1
- В начальных и конечных участках хроматограммы много шума. На протяжении всей хроматограммы тоже есть места, где шум такой же высоты, как и сигнал.
Задание 2
Это пример нечитаемого фрагмента хроматограммы. На этом участке шум такой же высоты, что и сигнал, причём как на прямой, так и на обратной последовательности.
Из-за этого её не возможно прочитать. |  |
©Шкарина Анастасия Николаевна 2016
|