Чтение последовательностей по Сэнгеру

Задание 1. Отчёт о прочтении хроматограммы

Ссылки на файлы с последовательностями, строчными буквами выделены проблемные нуклеотиды и полиморфизмы:

Прямая Обратная

Проект с выравнивем из JalView

Ссылки на исходные файлы: Прямая Обратная


Описание проблемных нуклеотидов
На обеих хроматограммах видно двойной пик: цитозина и тимина. Скорее всего это полиморфизм в исходной ДНК.
На верхней хроматограмме видно два двойных пика: аденин и гуанин. Но на нижней хроматограмме явно видно два пика аденина.
Аналогичная ситуация c пиками гуанина и тимина.
Из-за шумов на хроматограмме трудно прочитать последовательность. Такая ситуация могла возникнуть при попадании пятна краски на детектор
Характеристика хроматограммы
  • Длины нечитаемых участков около 80 в начале и 115 в конце хроматограммы для прямой и перевёрнутой обратной последовательности.
  • Отношение сигнала к шуму в среднем 10 к 1
  • В начальных и конечных участках хроматограммы много шума. На протяжении всей хроматограммы тоже есть места, где шум такой же высоты, как и сигнал.

Задание 2

Это пример нечитаемого фрагмента хроматограммы. На этом участке шум такой же высоты, что и сигнал, причём как на прямой, так и на обратной последовательности. Из-за этого её не возможно прочитать.

©Шкарина Анастасия Николаевна 2016