EMBOSS

1. Соединить несколько файлов в формате fasta в один.

Исходные файлы: Capsid_protein_VP2.fasta Capsid_protein_VP3.fasta Capsid_protein_VP4.fasta

Команда:

seqret 'Capsid_protein_VP?.fasta' seq.fasta

Ссылка на результат: seq.fasta

2. Есть один файл в fasta формате с несколькими последовательностями, разделить на отдельные fasta файлы.

Исходный файл: Coding1.fasta

Команда:

seqretsplit coding1.fasta

Ссылка на результат: U00096.3_cds_AAC73116.1_5.fasta U00096.3_cds_AAC73117.1_6.fasta U00096.3_cds_AAC73119.1_8.fasta U00096.3_cds_AAC73120.1_9.fasta

3. Из файла с хромосомой в формате .gb вырезать три кодирующих последовательности по указанным координатам "от", "до", "ориентация" и сохранить в одном fasta файле.

Исходные файлы: U00096 mylist.txt

Команда:

seqret @mylist z3.fasta

Ссылка на результат: z3.fasta

4. Транслировать кодирующие последовательности, лежащие в одном fasta файле, в аминокислотные, используя указанную таблицу генетического кода. Результат - в одном fasta файле.

Исходные файлы: coding1.fasta

Команда:

transeq -sequence coding1.fasta -outseq z4.fasta

Ссылка на результат: z4.fasta

5. Транслировать данную нуклеотидную последовательность в шести рамках.

Исходные файлы: coding.fasta

Команда:

transeq -sequence coding1.fasta -frame 6 -outseq z5.fasta

Ссылка на результат: z5.fasta

6. Перевести выравнивание из .fasta формата в формат .msf.

Исходные файлы: alignment.fasta

Команда:

seqret alignment.fasta msf::alignment.msf

Ссылка на результат: alignment.msf

7. Выдать в выходной поток число совпадающих букв между второй последовательностью выравнивания и всеми остальными.

Исходные файлы: alignment.fasta

Команда:

infoalign alignment.fasta -refseq 2 -only -name -idcount

Ссылка на результат: alignment.infoalign

8. Перевести аннотации особенностей в записи формата .gb в табличный формат .gff.

Исходные файлы: chromosome.gb

Команда:

featcopy chromosome.gb chromosome.gff

Ссылка на результат: chromosome.gff

9. Из данного файла с хромосомой в формате .gb получить fasta файл с кодирующими последовательностями; добавить в описание каждой последовательности функцию белка.

Исходные файлы: chromosome1.gb

Команда:

extractfeat chromosome.gb -type CDS -describe product z9.fasta

Ссылка на результат: z9.fasta

10. Перемешать буквы в данной нуклеотидной последовательности.

Исходные файлы: coding.fasta

Команда:

shuffleseq coding.fasta z10.fasta

Ссылка на результат: z10.fasta