Геномное окружение, база данных GO

КОГ

В белке был обнаружен 1 КОГ Chaperonin GroEL (HSP60 family) - шаперон GroEL, семейство HSP60 - с идентификатором COG0459 и E-value 0e+00. Обнаруживается с 1 по 529 остаток, при этом общяя длина белка AMW04831.1 543 аминокислотных остатка. Шаперон принадлежит к категории [O] - посттрансляционная модификация, оборот белка, шапероны (Posttranslational modification, protein turnover, chaperones)

COGNAT

Ссылка на полную выдачу программы
На приведенном изображении слева указаны организмы, у которых рассматривается геномное окружение КОГа (тип и вид организма), справа окно с самим окружением (каждая стрелка - какой-то ген), цветом отмечены гены, встречающиеся больше определенного числа раз (устанавливается через Threshold), в нижнем окне приведены все найденные программой консервативные КОГи.
Программа была запущена со следующими параметрами:
Search for COG - COG0459
Neighborhood Size - 9
Occurrence Threshold (%) - 20
Taxonomy - Нет
То есть для соответствующего КОГа искались по 4 соседних белка слева и справа, подкрашивались те из них, что встречаются более чем в 20% случаев, при этом находки не сортировались по таксономии.
Данный КОГ обладает определённой консервативностью - он встречается почти во всех организмах, причём в некоторых в нескольких копиях. Также часто перед исследуемым КОГом встречается КОГ COG0234 Co-chaperonin GroES (HSP10)

Отнесение молекулярного шаперона GroEL из генома бактерии Gemmatimonas phototrophica к терминам GO

Лучшей находкой с P-value=6.4e-186 был белок 60 kDa chaperonin из Geobacter sulfurreducens PCA. Однако для дальнейшей работы был взят белок chaperonin GroEL, как и исходный белок, из Shewanella oneidensis MR-1(P-value=1.2e-166).
Таблица 1. Термины GO, отнесенные к белку с идентификатором SO_0704

Аспект	Идентификатор GO	Название термина	Перевод названия термина	Код типа достоверности
Biological process	GO:0006457	Protein folding	Сворачивание белка	ISS
Molecular function	GO:0006457	ATPase activi	АТФазная активность	ISS

Таблица 2. Описание кодов достоверности, использованных в Таблице 1

Код типа достоверности	Расшифровка кода типа достверности	Объяснение
ISS	Inferred from Sequences or structural Similarity	Использется всякий раз, когда основанный на последовательности анализ формирет основу для аннотации. Также аннотация должна быть просмотрена вручную (иначе IEA).
IEA*	Inferred from Electronic Annotation	Функция не подтверждена, была автоматически предложена самой программой
IDA*	Inferred from Direct Assay	Функция была подтверждена исследованием напрямую

*эти строки приведены в таблице для примера
В процессе использования базы Gene Onthology были выяснены возможные функции белка chaperonin GroEL. Он участвует в сворачивании белка в различные структуры и в работе АТФазы.