Трансмембранные белки

База данных OPM

Таблица 1. Описание мембранных белков

Белок	5DSG	1I78
Название	Muscarinic acetylcholine receptor M4	Outer membrane protease OmpT
Толщина гиброфобной части мембраны	34.6 ± 2.1 A	26.5 ± 1.6 A
Трансмембранные спирали/бета-тяжи (а.о.)	1( 28- 55), 2( 70- 95), 3( 100- 129), 4( 148- 174), 5( 195- 220), 6(401- 425), 7( 432- 456)	1(11-20), 2(50-61), 3(64-72), 4(111-121), 5(126-136), 6(178-187), 7(192-201), 8(230-240), 9(245-254), 10(287-296)
Среднее количество остатков в одной спирали/тяже	22	9
Локализация	Эукариотическая плазматическая мембрана	Внешняя мембрана грам-отрицательных бактерий
Изображение белка

Анализ предсказания трансмембранных спиралей

TMHMM	Phobius

По оси абсцисс отложены координаты аминокислотных остатков белковой последовательности, по оси ординат - вероятность того, что в данном месте есть трансмембранная спираль. Линии разных цветов соответсвуют: красные - трансмембранные участки, синии - выходящие в цитоплазму, розовые - выходящие наружу от цитоплазмы.	По оси абсцисс отложены координаты аминокислотных остатков белковой последовательности, по оси ординат - вероятность того, что в данном месте есть трансмембранная спираль. Линии разных цветов соответсвуют: серые - трансмембранные участки, зеленые - выходящие в цитоплазму, синие - не присутсвующие в цитоплазме, красные - сигнальная последовательность
Текстовая выдача TMHMM outside 1 14 TMhelix 15 37 inside 38 49 TMhelix 50 72 outside 73 86 TMhelix 87 109 inside 110 129 TMhelix 130 152 outside 153 179 TMhelix 180 202 inside 203 335 TMhelix 336 358 outside 359 367 TMhelix 368 390 inside 391 422	Текстовая выдача Phobius TOPO_DOM 1 12 NON CYTOPLASMIC. TRANSMEM 13 38 TOPO_DOM 39 49 CYTOPLASMIC. TRANSMEM 50 76 TOPO_DOM 77 87 NON CYTOPLASMIC. TRANSMEM 88 109 TOPO_DOM 110 129 CYTOPLASMIC. TRANSMEM 130 155 TOPO_DOM 156 174 NON CYTOPLASMIC. TRANSMEM 175 197 TOPO_DOM 198 335 CYTOPLASMIC. TRANSMEM 336 357 TOPO_DOM 358 422 NON CYTOPLASMIC
Из приведенных выше графиков видно, что сервером TMHMM были найдены все 7 спиралей, присутствующие в OPM, однако координаты не совпадают с координатами из OPM, сдвиг наблюдается где-то на 20 аминокислот. Сервером Phobius были найдены лишь 6 спиралецй (с 1 по 6). Седьмой пик присутствует на графике, однако его вероятность около 0.5. Координаты спиралей не совпадают с координатами с OPM, однако близки к координатам, предсказанным TMHMM за исключением последней спирали.

База данных TCBD

Белок 5DSG в базе не представлен.
TCID код для 1I78: 9.B.50.1.1;
9 - белки с неполностью охарактеризованными транспортными системами (Incompletely Characterized Transport Systems);
B - предположительно транспортные белки (Putative transport proteins);
50 - Эндопротеаза наружной мембраны бета-тяжа (The Outer Membrane Beta-barrel Endoprotease, Omptin (Omptin) Family);
информация о субстрате отсуствтует.