Поиск сайта связывания транскрипционного фактора

Для выполнения данного задния была выбрана Yersinia pseudotuberculosis(мнемоника YERPB). В базе данных Uniprot было найдено всего 104 записи, из них 32 аннотированы.Был выбран штамм YERPB.

Entry	Entry name	Protein names	Gene names	Coordinates
B2K0H3	PURT_YERPB	Formate-dependent phosphoribosylglycinamide formyltransferase	purT YPTS_1775	complement(2003159..2004340)
B2K2K4	PURA_YERPB	Adenylosuccinate synthetase	purA YPTS_0459	508297..509595
B2K7N4	FOLD_YERPB	Bifunctional protein FolD	folD YPTS_1085	complement(1226660..1227526)
B2K9P0	GUAA_YERPB	GMP synthase	guaA YPTS_2940	complement(3262495..3264072)
B2K130	PUR2_SALTY	Bifunctional purine biosynthesis protein PurH	purH YPTS_0321	complement(352736..354325)
B2K5I4	PURR_YERPB	HTH-type transcriptional repressor PurR	purR YPTS_2374	2630338..2631363
B2K9K0	PUR5_YERPB	Phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase	purM YPTS_2900	3215801..3216844
B2K993	PUR7_YERPB	Phosphoribosylaminoimidazole-succinocarboxamide synthase	purC YPTS_2887	complement(3202912..3203625)

Сборка генома CP001048.txt
Fastaфайл с upstream регионами
HTML-страица MEME

По итогам работы программы ни один из трёх найденных мотивов не удовлетворяет требованию E-value<0.001. Второй и тертий мотив имеют хорошую информативность и энтропию, длины мотивов 18 и 14 соответственно, обнаружены они у 6 и 7 из 8 последовательностей соответственно, но из-за большего E-value не могут считаться хорошими находками. Первый мотив при таком же большом E-value имеет низкие информативность, энтропию и длину.